Отделив Церковь от государства, отцы-основатели на деле предоставили гражданам страны свободу вероисповедания. Таким образом, осуществилось равноправие представителей всех конфессий. Равноправными гражданами стали и атеисты. Как считал Джеймс Мэдисон, который вел протоколы заседаний Конституционного конвента и к чьему мнению прислушивались все делегаты, Конституция гарантировала гражданам свободу совести, исключив вмешательство правительства и властей всех уровней в религиозную жизнь страны. Вслед за Джоном Уитерспуном, делегатом Второго континентального конгресса (1775) и единственным священнослужителем, подписавшим Декларацию независимости, Мэдисон назвал Америку райской обителью религиозных свобод именно потому, что Церковь была отделена от государства. В свое время Уитерспун и Джефферсон десять лет боролись за разделение светских и церковных властей в Виргинии. Их дело не пропало даром. В 1785 г. в Виргинии была юридически закреплена свобода совести. Впрочем, их задачу облегчила особая ситуация, сложившаяся в этой колонии. На протяжении предыдущих сорока лет в Виргинию стекались тысячи религиозных диссидентов, не признававших англиканскую церковь. Причины такого вавилонского столпотворения толком не известны, но факт остается фактом.
После ратификации Конституции Церковь в Соединенных Штатах оказалась совсем не в таком положении, как в Англии. В бывшей метрополии еще Елизавета выпустила указ, согласно которому англиканская церковь контролировалась королем и парламентом. Получалось нечто вроде государственной (или национальной) Церкви. А отцы-основатели решили, что причастность граждан к религии – дело добровольное. Представители всех конфессий могут свободно совершать соответствующие религиозные обряды и даже вербовать новых прихожан. В Конституции не была отражена точка зрения Эзры Стайлза, считавшего Соединенные Штаты «Американским Израилем, избранным Богом», а Джона Уинтропа – «основателем общества, где царствует истинная вера».