Их супружеская жизнь становилась все более умилительной, оба непременно желали чем‑то помочь друг другу, и это было для них самым главным. Они старались быть мудрее, жить сегодняшним днем, а не завтрашним и не прошлым. Сын Сережа тоже подлаживался под их жизнь, беспокоился о здоровье отца, робко предлагая ему свою помощь. Но отец был особенно благодарен ему за помощь духоборам. Конечно, было много волнений, связанныхсдетьми: из‑за гайморита у бедной Тани; из‑за подавленного состояния Маши, утратившей былую энергию после выхода замуж за ленивого и вечно сонного Колю Оболенского. Особенно досадно было то, что обе дочери никак не могли родить здорового ребенка. Дети рождались мертвыми. В этом она винила их вегетарианство. Благо, что у невесток дела обстояли иначе, и к этому времени Софья уже не раз становилась бабушкой, в ее честь даже была названа одна из внучек, ставшая ее полной тезкой. Она была благодарна сыну Андрею и невестке Ольге, которые пожелали так назвать свою дочку, родившуюся 12 апреля 1900 года в Ясной Поляне. Софья радовалась тому, что ее сын основательно занялся хозяйством и его жизнь в яснополянской усадьбе не проходила даром. А ведь он был еще так молод. Об этом она думала во время своей поездки в Петербург, предпринятой ею для встречи с графиней Александрин Толстой, которая восприняла это посещение с превеликой благодарностью и приняла его как «жертвоприношение» Софьи. Александрин не знала о главной причине ее поездки, о которой легко догадывалась дочь Саша, сопровождавшая мама, в том числе и по концертным залам, где она видела Танеева.
Между тем недобрые слухи о судьбе «Воскресения», постоянно витавшие в воздухе, не на шутку встревожили Софью. Она узнала, что ее мужа ожидают очередные неприятности из- за издания романа за границей, в частности в Америке, и что уже появилось якобы высочайшее повеление, грозящее строжайшими запретами, в том числе лишением возможности церковных похорон после смерти Лёвочки. Однако тьма всяких забот отвлекала от грустных мыслей. Надо было думать о хлебе насущном: о продаже по выгодной цене самарских земель Андрея и Миши, о покупке имения Мансурова Ильей и т. д. Софья так устала от этих имущественных вопросов, что порой приходила в отчаяние, желая, чтобы все пропало: «и хозяйство, и книги, и московский дом, и дела с артельщиками, и уборка библиотеки, и обивка мебели». Хорошо, что все были здоровы, в том числе и Лёвочка. Это еще как‑то вдохновляло ее на посадку трех сотен яблонь и лиственниц, на заказ в Воронеже шестидесяти штук вишневых деревьев от Карлсона, которые, к ее большому огорчению, погибли, не прижились на яснополянской земле. Кроме этого, приходилось еще учить свою Сашу, у которой вкусы были самые, что ни на есть, «первобытные», что чувствовалось, например, в ее «ужасном громком» смехе.
День их с Лёвочкой свадьбы, 23 сентября, Софья решила провести в одиночестве, а потому достала старинные ноты, принадлежавшие маменьке мужа, чтобы сыграть Бетховена. За этим лиричным занятием ее и застал Танеев. Он сразу же сел за рояль и с блеском исполнил сонату Бетховена
Танеев поведал Софье об ужасных интригах и скандалах в консерватории. На последнем заседании директор консерватории Сафонов нагло накричал на него, и Сергей Иванович тотчас же подал заявление об уходе. Софья немедленно написала письмо великому князю Константину Константиновичу, мать которого являлась председательницей музыкального общества, в котором рассказала о беспорядках, происходящих в консерватории не без участия Сафонова. Благодаря ее обращению тот был уволен и на его место назначен Ипполитов — Иванов. Это место сначала было предложено Сергею Ивановичу, но он отказался.