Следующим крупным этапом в жизни Крепелина была профессура и заведование психиатрической клиникой в Дерите, где он прожил пять лет, продолжая свои занятия по экспериментальной психологии, переписываясь с Вундтом, обрабатывая и дополняя последующие издания учебника. В 1891 г. он возвращается на родину, на этот раз в качестве профессора в Гейдельберге, на место Фюрстнера, переехавшего в Страсбург. Начало этого гейдельбергского периода характеризуется в первую очередь психологическими исследованиями, в которых Крепелин все еще продолжает видеть могущественное средство для освещения психиатрических проблем. С этой целью гейдельбергская лаборатория предпринимает ряд предварительных опытов, содержание которых отличается большой оригинальностью. Ученик Вундта значительно отошел от узких задач лейпцигских исследований, посвященных по преимуществу элементарным психофизиологическим процессам, связанным с деятельностью органов чувств. Такие исследования, надо сознаться, были довольно скучны. Зато от гейдельбергских психологических экспериментов повеяло новой жизнью. Это была совершенно новая наука, живо отвечающая на вопросы, близкие не только клинике, но и школе, рабочей мастерской, фабрике и целому ряду сторон повседневной жизни и деятельности. Ее темы были следующие: влияние упражнения на умственный труд, утомляемость, колебание внимания и (работа, составившая Эпоху) влияние алкоголя на высшую нервную деятельность. К этому присоединились вскоре аналогичные опыты с бромом, вероналом, морфием, паральдегидом, хлоралгидратом и другими химическими веществами. В результате получился в высшей степени ценный научный труд «О влиянии некоторых лекарственных веществ на элементарные психические процессы». Этим путем надеялись подготовить методику для познавания значительно более сложных процессов. Можно сказать, что «процессы» было тем словом, которое сосредоточивало на себе внимание во всех отделениях Гейдельбергской психиатрической клиники. Параллельно работам по психологии патологоанатомическая лаборатория (где уже работал в то время знаменитый Ниссль) также прослеживала течение процессов: влияние алкоголя, морфия, усталости и проч. на последовательные изменения в структуре мозговых клеток. И одновременно в клинических палатах все интересы направлены были на изучение закономерной эволюции психопатологических картин во времени. Для Крепелина и его сотрудников уже в 1893–1895 гг. не подлежало никакому сомнению, что старая, по преимуществу статическая психиатрия доживает свои последние дни. Стало ясно, что диагностика должна быть чем-то большим, чем моментальной фотографией или «поперечным срезом» данного состояния больного в данный момент: она должна выражать динамическую и генетическую структуру психоза. Крепелин уже тогда неоднократно говорил во время обходов то, что впоследствии запечатлел на страницах своей книги: «…пример прогрессивного паралича должен нас учить, что не существует патогномонических симптомов в области психозов, и только вся картина в ее совокупности, на протяжении всего ее развития, от начала до конца, может дать нам право на объединение данного наблюдения с другими однородными случаями». Следуя Кальбауму, он избрал прогрессивный паралич своего рода стандартом и поставил своей задачей выделить из аморфной массы остального клинического материала такие же резко очерченные нозологические образцы. Основной мыслью его было: «течение и исход болезни строго соответствуют ее биологической сущности. Примером является прогрессивный паралич. Предстоит отыскать другие болезни».
Но эти идеи, высказанные Крепелином в IV издании его «Психиатрии» (1893 г.), были только лишь теорией, отвлеченными принципами, еще не получившими своего отражения в клинической части учебника. Лишь крайне осторожно высказываются здесь отдельные мысли, проскальзывают намеки на нечто значительное по своей новизне. Говорится, например, что мания — редкая болезнь. «Можно было бы, — писал Крепелин, — выставить парадоксальное утверждение, что мания по своей сущности есть периодическая болезнь и что редко встречающиеся изолированные приступы должны считаться ее рудиментарными формами». Далее утверждалось, что периодическая мания и циркулярный психоз родственны между собой.