Непримиримый протест ДВР вызвали два пункта в проекте устава: о том, что член партии в обязательном порядке должен исполнять волю политсовета под угрозой исключения из рядов СПС, а также о статусе совета партии. Совет партии определял региональную политику СПС и в первоначальном варианте устава был достаточно символическим консультативным органом. «Старые демократы», обеспокоенные усилением влияния федерального политсовета, в котором им принадлежало не так много мест, требовали усилить статус совета партии, видя в нем некоторый противовес ФПС. Либералы-державники возражали, считая, что партийные органы не должны дублировать друг друга.
Битва за поправки, на которых настаивал ДВР, грозила сорвать работу съезда в целом. После того как съезд отклонил поправки вместе с другими, не столь принципиальными, делегаты от ДВР собрались на совещание и решили бойкотировать устав, коль скоро съезд отказывается внести принципиальные изменения, делающие, по мнению ДВР, главный партийный документ менее авторитарным.
Ультиматум ДВР заставил пять сопредседателей СПС вернуться к рассмотрению двух поправок, и в конечном итоге под давлением Чубайса съезд принял поправки ДВР. После принятия устава партии на учредительном съезде партии СПС выступил Борис Немцов. Немцов пообещал делегатам, что «СПС будет супердемократической партией. Более демократичных партий не было ни в России, ни в мире».
В окончательном варианте устава член СПС в случае несогласия с решением политсовета имел право его не исполнять, но обязан был не препятствовать действиям по исполнению решения в том числе в виде публичной критики. По второму пункту было принято компромиссное решение если совет партии не согласен с решением политсовета, он мог предложить ФПС исправленный вариант решения и так до тех пор, пока не будет найден консенсус.
Особенно подробно Борис Немцов остановился на вопросе о принятии поправок ДВР к проекту устава. То, что СПС удалось разрешить возникшее в ходе обсуждения устава противоречие, показывает, по словам Немцова, что эта партия и в будущем будет способна к компромиссам и будет учитывать мнение меньшинства.
Дискуссию вызвал также вопрос о составе федерального политсовета. При выборе членов ФПС была использована процедура мягкого рейтингового голосования, которая фактически превратилась в публичные соревнования по популярности среди правых (в политсовете было 32 места, а кандидатур было выдвинуто 55). После одной из самых продолжительных ночных пауз счетная комиссия объявила результат: самым популярным правым оказался Анатолий Чубайс (306 из 403 делегатов). Ненамного отстал Борис Немцов (298). Третье место оказалось у Сергея Кириенко, четвертое – у Алексея Кара-Мурзы, пятое – у Ирины Хакамады, шестое – у Павла Крашенинникова, седьмое – у Егора Гайдара.
Оказавшись лишь на седьмом месте в «реестре популярности», Егор Гайдар решил отозвать свою кандидатуру при состязании за пост председателя ФПС. Гайдар уже несколько месяцев считался правыми главным конкурентом Немцова, и его участие в состязании не подвергалось сомнению. Гайдар согласился участвовать в конкурсе во многом под влиянием своей партии, и различные уступки ДВР ради объединения объяснялись гарантией Гайдара конкурировать за пост председателя политсовета. После того как ДВР согласился пойти на компромисс с либералами-державниками, отказ Гайдара от дальнейшей борьбы был воспринят частью «старых демократов» как предательство.
Делегат съезда Сергей Юшенков, возглавляющий группу активистов ДВР, не приемлющих объединения в единую партию, заявил, что не войдет в состав СПС потому, что консервативную и либеральную тенденции лучше не объединять в одну партию, тем более при явном консервативном доминировании. Вместе с Юшенковым о выходе из СПС и намерении создать партию «Либеральная Россия» заявили Сергей Ковалев и Владимир Головлев. Также сохранила отдельное существование часть партии «Демократическая Россия» (петербургская организация Руслана Линькова). Кроме того, отказ Гайдара от участия в борьбе за пост председателя ФПС ослабил позиции Сергея Кириенко, который предлагал Немцову голоса «Новой силы» в обмен на избрание Любови Глебовой председателем исполкома партии. Однако после того как Гайдар сошел с предвыборной дистанции, предложение это перестало быть выгодным для Немцова, и председателем исполкома остался Борис Минц.