В 2006 году Гозман выступил одним из авторов текста новой программы СПС «Горизонт 2007–2017. Вернуть России будущее» (авторство названия также принадлежит ему). После этого Гозман окончательно утвердил свой статус главного идеолога партии. Документ, по оценкам аналитиков, был драматически оторван от реальности: согласно тексту новой программы, в 2015 году СПС должен стать «правящей партией», а в 2016 году кандидат от СПС должен занять президентское кресло.
Гозман дважды – в 2003 и 2007 годах – баллотировался в депутаты Госдумы РФ от СПС, но оба раза партия эти выборы проигрывала. После последнего поражения, 17 декабря 2007 года, все руководство СПС во главе с Никитой Белых подало в отставку. Однако в тот же день большая часть подавших в отставку руководителей партии были вновь избраны в федеральный политсовет СПС. В результате Белых снова занял пост председателя партии, а Гозман снова стал его заместителем.
26 сентября 2008 года Белых заявил, что уходит в отставку с поста председателя СПС, не желая участвовать в новом «кремлевском проекте» – объединении СПС, «Гражданской силы» и ДПР в «прокремлевскую» правую партию. Председателем политсовета СПС временно стал Гозман, который, хоть и назвал участие СПС в кремлевском проекте «омерзительным вариантом», признал, что вынужден согласиться на это «ради сохранения СПС».
В октябре 2008 года Гозман был назначен на пост советника Чубайса, ставшего председателем правления корпорации «Роснанотех». Вместе с Чубайсом и Гайдаром призвал членов СПС сотрудничать с властью для создания правой либеральной партии. Настаивая на необходимости такого шага, авторы заявления признавали, что «в России не функционирует демократический режим». Они выражали сомнение в том, что правым в дальнейшем «удастся защитить наши ценности в полном объеме». «Но нас уж точно не заставят защищать чужие», – утверждали лидеры СПС.