По словам самого Гозмана, он активно практиковал как психотерапевт, но в начале 90-х годов понял, что это не его призвание. Базовая идея психотерапии – «мир изменить нельзя, можно изменить лишь отношение к миру», а Гозману хотелось активно влиять на то, что происходило вокруг. Профессор МГУ становится членом клуба «Московская трибуна» и Комитета российской интеллигенции «Карабах», одним из руководителей которого был отец Егора Гайдара – Тимур.
В 1992 году Гозман становится советником Егора Гайдара, исполняющего обязанности первого заместителя премьер-министра России. Однако на государственной службе он задержался недолго – в декабре 1992 года Егор Гайдар был отправлен в отставку, а Гозман уехал в США – читать лекции по политической психологии и психологической истории СССР. В Штатах Гозман некоторое время занимал профессорскую должность в Диккенсон-колледже Карлайла (штат Пенсильвания), затем был научным сотрудником Международного центра Вудро Вильсона в Вашингтоне. Вернувшись в 1993 году в Россию, принял участие в демократическом движении – стал секретарем федерального политсовета партии «Демократический выбор России», баллотировался в депутаты Госдумы РФ от блока «Демократический выбор России – Объединенные демократы» (ДВР – ОД), но выборы проиграл.
В 1993 году Гозман познакомился с Анатолием Чубайсом и довольно быстро установил с ним доверительные отношения. В августе 1996 года Чубайс, бывший тогда руководителем администрации президента, сделал Гозмана своим советником. В 1999 году Гозман стал советником Чубайса уже как главы РАО «ЕЭС России».
С этого времени и по настоящий момент Леонид Гозман считается одним из наиболее близких к Чубайсу людей и, в частности, «правой рукой» теневого лидера СПС.
Известно высказывание самого Гозмана о Чубайсе:
В ранний период существования СПС Гозман играл роль «связного» между госкорпорацией и партийной организацией. Будучи членом правления РАО «ЕЭС России» и исполняя функции полномочного представителя РАО ЕЭС по работе с органами власти и общественными организациями, он одновременно был избран заместителем начальника избирательного штаба ОПОО СПС. В 1999 году «Коммерсантъ-Власть» опубликовал статью с характерным названием «Зам по мозгам», где говорилось о том, что именно Гозман «тащит на себе федеральную кампанию СПС, работает с одномандатниками». В июне 2001 года Гозман был избран председателем креативного совета СПС.
В СПС Гозман всегда поддерживал «линию Чубайса» – так, в 2000 году он выступил в поддержку кандидатуры Владимира Путина на выборах президента РФ, заявив, что в сложившейся ситуации «поддержка любого другого кандидата была бы хуже, чем поддержка Путина». Позже он был одной из основных фигур, организовывавших внутрипартийное сопротивление линии Немцова и Хакамады, которые пытались выстроить из СПС оппозиционную власти партию.
В 2004 году Гозман вошел в состав федерального политсовета, который после отставки сопредседателей партии стал главным руководящим органом СПС. В 2005 году после долгой борьбы он стал вторым человеком в партии – заместителем председателя политсовета, на пост которого был избран Никита Белых. Противники Гозмана утверждали, что Белых будет выполнять в партии чисто декоративные функции, а на самом деле все руководство СПС окажется в руках Гозмана, через которого, в свою очередь, партией будет управлять Чубайс.
Как идеолог правых Гозман позволял себе «поправлять» Чубайса там, где взгляды теневого лидера СПС казались ему слишком «имперскими» и недостаточно «либеральными». Так, пропагандируя идею Чубайса о «либеральной империи», Гозман подверг ее существенной коррекции: в его понимании «либеральная империя» должна была быть частью некоей глобальной структуры («образующейся единой мировой империи»), что в целом не противоречит либеральным представлениям о месте России в мире, тогда как Чубайс говорил все-таки о региональной сверхдержаве, реализующей свои интересы исключительно мирными (экономическими) средствами.