О возможности «националистического бунта» или «левого реванша» говорили многие выступавшие на съезде. Едва ли не единственным серьезным политиком, считающим «левый поворот» маловероятным, стал Анатолий Чубайс. Глава «Роснанотеха», напротив, считает, что в условиях кризиса появится запрос на правых, которые могут зарабатывать деньги для государства, корпорации, семьи и т. д. Сам Чубайс поддержал создание новой партии («Правого дела»), хотя заявил, что входить в нее не собирается (возможно, он вступит в высший совет партии, который предполагается сформировать из беспартийных, но авторитетных деятелей политики, культуры, бизнеса и т. д.).
Позицию противников самороспуска на съезде озвучила Мария Гайдар. Она заявила, что ликвидация СПС является предательством по отношению к избирателям СПС, которых в стране, по официальным данным, 600 тысяч. Самороспуск СПС, по мнению Гайдар, будет означать уничтожение последней независимой партии в стране; согласиться на самороспуск означает одобрить арест Ходорковского, отмену выборности губернаторов и т. д. Как член Мандатной комиссии, Мария Гайдар изучала протоколы региональных конференций и сомневается в подлинности многих из них. С ее точки зрения, съезд в техническом отношении является не съездом, а собранием и решения принимать неправомочен.
После съезда Мария Гайдар подала в Таганский районный суд Москвы иск об отмене решения съезда СПС о самороспуске партии. Оснований для иска три: нарушения в ходе региональных конференций, нарушения во время самого съезда (двойное голосование), вмешательство чиновников администрации президента в вопрос о ликвидации СПС. Аналогичный иск в тот же суд подало московское отделение СПС.
Косвенно поддержал Марию Гайдар и Борис Немцов, забравший обратно заявление о приостановке своего членства в СПС. Немцов сравнил взаимоотношения партий с Кремлем с отношениями животных в биоценозе.
Однако инициатива Немцова не спасла партию. После споров о том, каким должно быть голосование – открытым или тайным – была объявлена перерегистрация делегатов съезда. В конечном итоге при поименном голосовании за самороспуск СПС проголосовали 97 делегатов. Против было подано 9 голосов, включая Марию Гайдар и Бориса Немцова. Воздержались двое – депутат от Воронежской области Юрий Бездетко и член ФПС Алексей Кара-Мурза.
Надгробным словом самоликвидировавшегося СПС стало заявление съезда, принятое уже после формального роспуска партии. В заявлении говорилось: