Батюшке удалось восстановить внутренний порядок в обители. Некоторые смутьяны покинули обитель. До 1919 году жизнь в монастыре оставалась спокойной. Один из паломников, сумевший добраться до Соловков в 1919 году, писал, что обстановка в монастыре помогает «хоть на время забыть весь гнетущий ужас классовой борьбы, где люди, забыв совесть и правду, готовы перегрызть друг другу горло. Ведь перед вами многовековая коммуна, но какая колоссальная разница между ее ростом и ростом коммуны той, зафронтовой. Здесь терпеливая созидательная, культурная работа на голом камне, там — темное разрушение всего прежде созданного. Здесь призыв к смирению, труду и любви, там разбойный клич…» (10).
Декрет Совета Народных Комиссаров об отделении Церкви от государства, изданный в 1918 году, определил уничтожение церковных общин и монастырей. Церковь лишалась прав юридического лица. Основной пункт декрета о свободе совести гласил: «Никакие церковные и религиозные общества не имеют права владеть собственностью» (10). Их имущество было объявлено атеистической властью народным достоянием — разграбление было узаконено. Через месяц после взятия Архангельска Красной Армией на Соловки прибыла особая комиссия губревкома. Начались обыски и ограбление обители.
Долг перед Господом и людьми обязывал настоятеля и братию сохранять соловецкие святыни для потомков, укрывать и спасать святыни и имущество от грабителей–болыые–виков. По указанию архимандрита Вениамина в многометровых стенах Спасо-Преображенского собора было сделано хранилище, где были упокоены святые мощи первооснователей монастыря — преподобных Зосимы и Савватия. Ценности из ризницы были спрятаны в стене Спасо-Преображенского собора и над алтарем Никольской церкви. Строились тайные хранилища продовольствия. Ближайшим помощником настоятеля в этих работах стал будущий преподобномученик, иеромонах Никифор (Кучин).
Весной 1920 года окончательно установилась советская власть и на Соловки прибыла Особая комиссия Архгубисполкома и Губревкома РКП(б). Комиссию возглавлял М. С. Кедров. Ее целью было выявление «запасов оружия и продовольствия, принадлежавших буржуазии и ее пособникам». Но чекисты искали не только оружие, оставленное белогвардейцами и союзными войсками. К середине 1920 года монастырь на Соловках еще оставался, но часть его хозяйства была отобрана для устроенного большевиками совхоза. В это время в монастыре жили 400 монахов и 200 послушников.
Лето 1920 года было последним летом уставной монашеской жизни на Соловках. Осенью 1920 года монастырь был закрыт. Монахов выгнали с Большого Соловецкого острова. Начался самый страшный в истории монастыря период — период систематического грабежа соловецких ценностей, дележки территорий и имущества между организациями новой власти. На архипелаге закреплялись уполномоченные различных советских организаций, между ними разгоралась борьба за власть над территорией и обладанием еще не до конца разграбленными соловецкими ценностями. Архимандрит Вениамин жаловался в Кемский продовольственный комитет, пытаясь защитить жизненно необходимую для обители часть имущества. Сохранилось его обращение к властям: «Всепокорнейше прошу не дать братству погибнуть зимою с голоду, потому что, если не достанет хлеба хотя бы на пятнадцать дней, — все мы должны будем помереть с голоду на диком, суровом морском острове» (10), — но в ответ обыски и грабеж приобрели новую силу.
Обращает на себя внимание то, сколько страдания в этих строках — ведь под его опекой оставалось около полтысячи человек. В прошении архимандрита есть прозрачный намек и на попечительство обители над заключенными Соловецкого лагеря принудработ, который вскоре станет одной и самых позорных и страшных страниц человеческой истории XX века.
Архимандрит Вениамин всё больше и больше мешал своре лагерных надсмотрщиков: слишком много знал, видел… Среди оставшихся монахов нашлись предатели, сообщившие большевикам о скрытых ценностях. Председатель Архгубисполкома Попов распорядился «серебро заарестовать», а виновных в сокрытии наказать. На архимандрита Вениамина был составлен донос несколькими монахами. Вскоре он и его ближайший верный помощник, иеромонах Никифор, были арестованы по обвинению в сокрытии монастырских ценностей и хранении оружия. Их сослали на лесозаготовки в Холмогоры, но летом 1922 года освободили. Отец Вениамин и отец Никифор уехали в Архангельск на Соловецкое подворье. После разгона подворья их приютил верующий человек — архангелогородский врач и аптекарь Александр Алексеевич Левичев, у которого они проживали по июнь 1926 года. Хозяин денег за жилье с них не брал, добровольные жертвователи поддерживали их, чем могли.
О возвращении на Соловки не было и речи — там уже вовсю действовал всесоюзный концлагерь. Но Вениамин и Никифор искали уединения и тихого места для молитв.