Петр приказал Кольскому воеводе Козлову мобилизовать всех жителей города и уезда на ремонт крепости и в кратчайший срок привести ее в такое состояние, чтоб «в военный случай… в осаде сидеть было надежно». Местными силами была произведена полная реконструкция старого острожного строения в Коле и дополнительно возведена новая деревянная крепость между реками Колой и Туломой. Новое укрепление имело форму четырехугольника с башнями по углам. На башнях в два ряда расставили пушки, в радиус действия которых попадали подступы к гавани и к другим важным объектам. Стены крепости защищались ружейным огнем, для чего в них сделали через каждые два метра горизонтальные щели.[232]
В Суме сгнившую часть стены удалили, а вместо нее сделали новую.В 1701 году для охраны Поморья Петр направил из Архангельска военный отряд численностью в 300 человек под начальством капитана Алексея Капранова.[233]
Прибывшие подкрепления разместились в Кеми и Суме и состояли на государственном содержании.Этим не исчерпывались приготовления к встрече интервентов. В 1701 году Петр приказал двинскому воеводе Прозоровскому и архиепископу Афанасию строить каменную цитадель в 15 верстах ниже Соломбалы, чтобы «тех неприятельских людей в Двинские устья не пропускать и города Архангельского и уезда ни до какого разорения не допускать».[234]
Царь требовал «весной зачать» крепость.[235] До лета шли подготовительные работы к постройке города. 12 июня 1701 года состоялась закладка Новодвинской крепости. Строительство ее началось на острове Линский Прилук, находящемся в Березовском устье реки, которым входили корабли в Соломбальскую гавань.Около двух тысяч крестьян согнано было на двинские болота. Бутовый камень ломали на Пинеге и в Орлецах, откуда доставляли его на дощаниках. Часть строительного материала привезли из Пертоминского монастыря. Много кирпича, извести, щебня, бутового камня пожертвовал пастырь Афанасий. Денежные расходы на постройку Новодвинской крепости были возложены на население семи городов: Мезени, Великого Устюга, Сольвычегодска, Тотьмы, Вятки, Чаронды, Кевролы.
Первый чертеж будущей крепости, сделанный военным инженером Яганом Адлером, не понравился Петру. Новый чертеж поручили изготовить Георгу Ернесту Резу. Обруселый бранденбуржец, он стал известен у нас как Егор Резен. План последнего царь одобрил, и Егор Резен стал руководителем строительства крепости на Двине. Стольник Селиверст Петрович Иевлев заведовал хозяйственной частью. В 1701 году было «сделано 4 батареи с редутами и шанцами для взаимной обороны; на батареях поставлено по 5 пушек и по 100 служилых».[236]
Только к 1705–1706 гг. в основном закончили строительство крепости, хотя усовершенствование ее продолжалось и в последующие годы. В 1713 году по смете, составленной Е. Резеном, были произведены поправки и достройка Новодвинской крепости,[237] а окончательно крепость была готова лишь в 1724 году. Новодвинская крепость величественно и грозно стояла у входа в Северную Двину, замыкала устье реки, закрывала подступы к столице Севера. Цитадель была сооружена по последнему слову фортификационной техники. Древнейшее описание крепости принадлежит писателю П.И. Челищеву. Он же набросал схематический план цитадели. Писатель сообщает, что крепость имела форму квадрата с бастионами по углам, в середине каждого находился каменный пороховой погреб. Наружные стены защищал ров, наполненный водой, с подъемными мостами. Внутри города находились церковь, два каменных дома и солдатские казармы.[238] Видавшие виды петербургские чиновники сравнивали Новодвинскую крепость с Петропавловской и не в пользу последней. Дошедшие до нас остатки уникального сооружения крепостной архитектуры охраняются как исторический памятник.Летом 1701 года, в пору, когда строительство крепости было в разгаре, шведская эскадра в составе 7 боевых единиц вторглась в северные воды России и занялась разбоем. Пришельцы задерживали и уничтожали промысловые суда, у рыбаков отнимали платье, вещи и улов.[239]