Газета «Зюддойче цайтунг» и швейцарская газета «Ди Тат» характеризовали в своих комментариях приговор как «объективно приемлемый», но одновременно констатировали, что нельзя оправдать политическую и моральную вину Гальдера. Она подтверждается записями в его дневнике. Совесть Гальдера должна была восстать против приказов Гитлера, и он не должен был служить ему после 1939–1940 гг.
Однако решение Мюнхенской комиссии еще не снимало с Гальдера вины. При проверке апелляции генерального обвинителя в кассационной палате при ответственном за процесс денацификации баварском государственном министерстве по чрезвычайным делам записи в дневнике Гальдера подвергли тщательной проверке и в ноябре 1948 года подали апелляцию со ссылкой на его конкретное участие в осуществлении противоречащих международному праву приказов при нападении на Советский Союз в 1941 году. Конкретно ему инкриминировали участие в подготовке указа о приостановлении военной подсудности в районе «Барбаросса» и приказа о комиссарах. Для Гальдера становилось опасным то, что его личная причастность к преступлениям нацистов стала предметом дебатов, а его дневник использовался юристами в качестве доказательства его личной ответственности за противоречащие международному праву акты насилия во время войны. Обсуждалось именно то, в чем его и Браухича обвинял летом 1941 года убитый нацистами бывший посол фон Хассель, когда он констатировал, что они, отдавая «преступные приказы», накладывают на сухопутные войска «позорное пятно убийц-поджигателей».
Снимающий вину приговор первой инстанции в конце декабря был отменен баварским министерством по особым делам. В этой критической для Гальдера ситуации к нему на помощь пришел его новый работодатель — армия США. В последующие месяцы комиссия по денацификации многократно и безрезультатно пыталась назначить срок апелляционного разбирательства и вызвать Гальдера из лагеря. Армия США сообщила президенту апелляционной палаты, что Гальдер занят в их отделе истории важным проектом и «необходим для выполнения этой задачи», так что он не может «появиться в Мюнхене». Ввиду этого препятствия апелляционное разбирательство не состоялось. Министерству по особым делам не помогло также и то, что оно обратилось к военной администрации США в Баварии с просьбой о поддержке: Гальдер в Мюнхен не приехал. Он остался в Кенигштейне, в Таунусе, при отделе истории под покровительством американцев. В то время он избегал контактов с прессой и отказывался давать интервью; он хотел, чтобы его оставили в покое. Наконец министерство по вопросам политической реабилитации в Баварии дало 6 сентября 1950 года указание отозвать поданную апелляцию, так как в силу изданного в это время закона об окончании политической реабилитации от 27 июля 1950 года невозможно было рассчитывать на то, что Гальдер будет квалифицирован как «главный виновник или активист». Соответственно этому прежний приговор от октября 1948 года вступил в силу 12 сентября 1950 года и Гальдер с этих пор считался «свободным от обвинения».
Случай с Гальдером свидетельствует, что денацификация не внесла ясности в отношении личной ответственности за функционирование нацистской диктатуры. Более того, в силу определенных обстоятельств она не способствовала искоренению всех остатков нацизма. Во многих случаях денацификация вела не к чистке, а к бесконтрольной реабилитации. Гальдер принадлежал к тому командному составу, к которому правительство США охотно обращалось с целью стабилизации своей военно-политической позиции в Средней Европе во время «холодной войны» с Советским Союзом, так что он мог рассчитывать на протекцию США. Его первоначальная деятельность в отделе истории армии США после 1945 года является примером вовлечения немцев в новый фронт «холодной войны».
На службе военной историографии
Когда американское армейское командование летом 1945 года размышляло о том, как ему привлечь для написания истории второй мировой войны также и противоположную сторону, то возникла идея не только использовать для этого захваченные немецкие документы, по привлечь в свидетели взятых в плен генералов