Для Лютера и немецких князей, прежде всего самих же протестантов, Мюнцер был настоящей проблемой, так как постоянно передвигался с места на место и агитировал к восстанию, используя, вероятно, ту самую тайную сеть бегардов, которая давно функционировала в стране. В частности, он смог организовать мансфельдских рудокопов, а организованный им в городах Алыптэте, Зангерсгаузене, Цвикау и других городах тайный союз ставил своей целью следующее:
Агитаторский талант Мюнцера воплощался на практике в переворотах и восстаниях. Так, произошел переворот против городского совета Мюльгаузена, и ненадолго (1524–1525 гг.) в городе воцарились «еретические коммунисты» под предводительством Генриха Пфейфера. В Нюрнберге Мюнцер издает сочинение, в котором пишет о жителях города:
Центром восстания сделался город Франкенгаузен, где собрались главные силы восставших и куда Мюнцер, понимая значение этого города, направил все силы, которые были в его распоряжении, хотя многие отреагировали пассивно и в распоряжении «еретических коммунистов» в решающем сражении с князьями оказалось всего 8 тыс. человек и некоторое количество пушек. К концу мая 1525 г. с восстанием было покончено, Пфайфера и Мюнцера казнили. Восстания в других регионах Германии также подавили – одно за другим. Причиной неудавшейся революции было то, что большинству крестьян и ремесленников не было дела до построения нового великого будущего Мюнцера. Марксисты назвали бы это отсутствием классового самосознания, а следовательно – единства. Тем не менее Каутский повторяет, что
Моравские анабаптисты и Мюнстерская коммуна