Однако славянские языки почему-то не вызывают у Байера никакого интереса. Его настоящая страсть – языки восточные. В Берлинской библиотеке он изучает сочинения и рукописи о Китае, в Галле – берёт уроки арабского языка у специалиста по восточным древностям, уроженца Дамаска, Саломона Ассади (Негри); не упускает случая получить представление об эфиопском и сирийском языках, тунгусском и монгольском алфавитах, совершенствует свои познания в греческом, штудируя труды по церковной истории Византии.
Домой Байер возвращается поздней осенью 1717 года, увенчанный учёной степенью магистра, которую получил в Лейпциге. Начинается плодотворный период его преподавательской деятельности. Городские власти предлагают ему должности ректора кафедральный школы и директора городской библиотеки. В нём просыпается историк; он готовит к печати материалы по истории Тевтонского ордена, подумывает о составлении сборника жизнеописаний прусских учёных и с увлечением читает «Атлантику» Рудбека. Материальные дела его неплохи, здоровье идёт на поправку, и в 1720 году Байер заводит семью.
13 июля 1724 года королевским распоряжением городские поселения Альтштадт, Лёбенихт и Кнайпхоф объединяются в один город, который по имени своего исторического центра получает название Кёнигсберг. Тремя месяцами ранее, 22 апреля, в пригороде Кнайпхофа, Фортштадте, на свет появился Иммануил Кант – будущий российский подданный (правда, временно). А в начале года, 28 января, Пётр I подписал указ, гласивший: «Учинить академию, в которой учились бы языкам, также прочим наукам и знатным художествам и переводили бы книги». Царскому указу тоже суждено было сыграть свою роль в истории Кёнигсберга.
Академиков выписали из Европы. К моменту открытия Академии в ней всё ещё оставались незамещёнными гуманитарные кафедры. Лейб-медик и первый президент Академии Лаврентий Блюментрост 5 июня 1725 года извещал одного из своих учёных корреспондентов в Германии, Христиана Вольфа, первого почётного члена Петербургской Академии наук: «Нам ещё необходим при Академии известный историк, который бы мог быть облечён, если пожелает, в звание историографа».
Эта проблема нашла своё разрешение после приезда в Петербург Христиана Гольдбаха, который в свои 35 лет очутился в положении академического патриарха, став самым старшим из академиков. Он рекомендовал на кафедру истории и древностей Байера, своего земляка, хорошего знакомого и адресата многолетней учёной переписки. Предложенная кандидатура понравилась. Имя Байера как исследователя восточных языков было известно в Петербурге, а начальство Академии считало полезным развивать эту отрасль филологии, хотя и не предусмотренную петровским проектом.
Зазывательные письма Гольдбаха, полные живых и остроумных зарисовок петербургской жизни и порядков в Академии, находят отклик в душе Байера. Он начинает думать о том, какие выгоды может доставить ориенталисту пребывание в России. Ему льстит почётная и хорошо оплачиваемая должность профессора, а также то, что академическое начальство оставило на его усмотрение выбор кафедры. Третьего декабря 1725 года Байер заключает с Академией контракт. Отныне он – профессор на кафедре греческих и римских древностей, с годовым окладом в 800 рублей и казённой квартирой (дрова и свечи – тоже за счёт Академии). В порыве энтузиазма Байер даже меняет своё германское имя Готлиб (Боголюбивый) на греко-православный аналог – Феофил (Теофил).
Весну 1726 года он встречает уже в Петербурге.
«Парадиз» на Неве, недавно расставшийся со своим основателем, живёт по оставленному им регламенту. Центр городской жизни сосредоточен на Троицкой площади. Её окружает ряд крупных построек – деревянный Собор Святой Троицы, здание государственной канцелярии, типографии, госпиталь, новые каменные дома петровских вельмож. Из-за болотистой почвы многие здания трясутся, когда мимо проезжает карета или нагруженная телега. Рядом стоит питейное заведение – аустерия «Четыре фрегата», куда захаживают угоститься табаком и выпивкой высшие государственные чины, иностранные послы, богатые купцы и состоятельные горожане.
В гроте Летнего сада, под охраной часового, укрыта дивная Венера, вывезенная по заказу Петра из Италии. Байер впоследствии напишет о ней исследование, признав её копией знаменитой статуи Афродиты Книдской, работы Праксителя.
Недалеко от Троицкой площади располагается Гостиный двор, где идёт оживлённая торговля российскими и привозными товарами, а на его задворках бурлит татарская барахолка и промышляет множество воров.
На Васильевском острове высится каменный дворец Меньшикова, защищённый от северного ветра обширным садом. Остальная часть острова пустует – среди мелколесья, на луговинах, пасутся лошади и коровы, там и сам торчит несколько изъеденных ветрами избушек. Случайный прохожий должен опасаться волков.