29 сентября 1917 года во время 138 боевого вылета его самолёт разбился. По одной версии он был сбит в ночном бою где-то под Одессой, по другой - у него отказал мотор непосредственно над аэродромом в Севастополе, где находилась его военно-воздушная база. Так или иначе, но второй пилот разбился насмерть, а Бруни, искалеченный так, что жизнь в нём еле теплилась, оказался в военном госпитале в Одессе. Врачи колебались, стоит ли его лечить, но на всякий случай из чисто профессиональной добросовестности зашили раны и наложили гипс на переломанные руки и ноги.
И тут на самом краю смерти согласно устному семейному преданию его посещает видение. По одной версии ему явился святитель Николай, его небесный покровитель и сказал: “Выживешь - посвяти себя Богу”. По другой версии ему явилась Божья Матерь и он сам сказал Ей, что ему очень хочется жить и дал обет, что если выздоровеет, то станет священником. После этого он к удивлению врачей начинает стремительно поправляться. Срастаются кости, заживают рваные раны, полную сохранность обнаруживает рассудок после страшной черепной травмы.
28 ноября 1917 года Николай Александрович выписался из госпиталя и поселился в небольшой комнатке маленького домика вблизи пляжа Аркадия, которую хозяева сдавали приезжим отдыхающим на море. Вернуться в авиадивизион было невозможно — он перестал существовать.
В апреле 1918 года Бруни бежал из оккупированной австрийцами Одессы и в течение месяца через все фронты Гражданской войны кружным путём через Саратов пробрался в Москву. 10 мая 1918 года, на следующий день после прибытия в Москву, вступил в Красную Армию.
Служил командиром 1-го авиаотряда ВВС РККА. 12 июня 1918 года он совершил свой первый полёт над Москвой. Первый авиаотряд вёл подготовку военных летчиков для военно-воздушного флота Советской Республики. Николай Александрович отдавал много сил лётной и командирской работе, но “…невозможность лечения ещё не заживших ран, которые причиняли мучительные страдания, потрясающее впечатление империалистической войны и ужасной пережитой аварии окончательно подорвали нервные силы, чему особенно способствовали переживания, связанные с работой в передовом отряде Красного Креста, где приходилось оказывать помощь сотням окровавленных, изувеченных и умирающих людей. Всё это не дало возможность вынести строевую лётную работу до конца гражданской войны”.
В начале 1919 года Николай Александрович не прошёл лётную комиссию и был списан из Красной Армии.
Его впечатления о происходивших тогда в стране событиях он выразил в стихах:
Смотри, чудовищной лавиной
Грехом затоплена страна.
Теперь и силою орлиной
Она не будет спасена.
Огнем и крыльями напрасно
Мы возмущаем синеву!..
Не плачь, не говори: “Ужасно”,
Дай преклонить к тебе главу… -
писал он в 1919 г.
Незадолго перед тем, 22 декабря 1918 года Николай Бруни женится на Анне Полиевктовой. Они венчались в церкви Николы на Песках, где потом сам Бруни будет служить в качестве священника. Эту церковь можно видеть на картине Поленова “Московский дворик”.
Свадьбу справили в доме К. Д. Бальмонта, в семье которого жила невеста. Вообще Бальмонт был близок с семьёй Бруни: его сын Николай ещё в Петербурге входил в литературный кружок, возглавлявшийся Львом Александровичем Бруни, а дочь Нина потом вышла за него замуж. Тогда на свадьбе Николая и Анны К. Д. Бальмонт прочитал два своих стихотворения - одно посвящённое жениху, а другое - невесте.
Вскоре после женитьбы Николай Бруни с женой уезжают на Украину, где было легче прокормиться. Их зовёт к себе их дальний родственник, священник сельского прихода под Харьковом. В Харькове Бруни знакомится с местным архиереем, епископом Сергием.
4 июля 1919 года Н. А. Бруни в Харькове был рукоположен в сан диакона рукою харьковского Владыки Сергия — родного брата Екатерины Алексеевны Бальмонт — жены поэта К. Д. Бальмонта, а спустя несколько дней — во священники. Вначале о. Николай служил на Украине, в селе Буды Харьковской области.
Весной 1921 г. (вероятно, из-за закрытия церкви в Буддах) семья Бруни возвращается в Москву в надежде найти здесь приход. Какое-то (по-видимому, очень недолгое) время о. Николай служит в московской церкви Николы-на-Песках на Арбате.
В 1921 году после смерти Блока Бруни отслужил по нему панихиду в своей церкви Николы-на-Песках на Арбате. По рассказам очевидцев, начал её с чтения стихотворения “Девушка пела в церковном хоре…”.
Вообще был он бессребреником, денег за своё священническое служение не брал (говорил, что Богу деньги не нужны), а для того, чтобы прокормить свою семью, выполнял множество разных ремесленных работ: работал столяром, печником, вырезал и разрисовывал игрушки из дерева. В 1922 г. из-за конфликта с Живой обновленческой Церковью был вынужден оставить приход.
Через некоторое время по призыву своей матери Бруни переезжает в Калужскую область. Поселившись рядом с Оптиной пустынью, Анна Александровна созывает туда же своих детей, в том числе и о. Николая с его семьёй. Ему удаётся получить приход в селе Косынь под Козельском, и он служит там в течение нескольких лет.