В июне 1920-го в Региструпре одно за другим случились два чрезвычайных происшествия. Одно из них привело к смене начальника Управления. 7 июня член РВСР и член РВС Юго-Западного фронта И.В. Сталин отозвал на фронт начальника Региструпра Юго-Западного фронта Ф.М. Маркуса, который помогал в организации работы Закордонному отделу ЦК КП(б) У. 8 июня один из руководителей Закордота, Ф. Кон, телеграфировал Ауссему: «Вчера тов. Сталин приказанием по телеграфу отозвал Маркуса с работы и дал ему другое назначение. Я по прямому проводу указал Сталину на то, что он разрушает таким трудом налаженную работу, но на него не подействовало. Решительно протестуя против такого образа действий я вместе с тем не могу не указать что для успешной работы я должен быть уверен в том, что присылаемые в мое распоряжение товарищи не будут сняты с поста без моего ведома и согласия. Если это условие не может быть соблюдено, я прошу прислать мне заместителя, который согласится при таких условиях вести столь ответственную работу. Я этого на себя не беру. Вызовите меня к прямому проводу. № 24. Феликс Кон. Верно начрегистротделюгозапа военком Маркус».
В связи с этим инцидентом В.Х. Ауссем подал рапорт члену РВСР и военкому ПШ РВСР Д.И. Курскому: «Успешное ведение агентурной разведки возможно исключительно при помощи партийных организаций. Это является не только результатом общих рассуждений, но блестяще подтверждается на деле на примерах Северных участков нашего Западного фронта, где вся эта работа проведена финским, эстонским и латышским Ц.К.-ми и зарубежными бюро. С большим трудом при содействии Ц.К. Р.К.П. Р.У. [Региструпру] удалось добиться от Ц.К. К.П.У. образования при нем закордонного бюро, которое уже приступило к работе и по докладам инспектора Р.У. [им был В.Х. Груздуп] обещало в ближайшем будущем дать хорошие результаты. Между тем работа эта расстраивается уже вторично на протяжении одного месяца вмешательством членов Реввоенсовета ЮЗ фронта, отнимающих у этого бюро командированного в его распоряжение на роль инспектора тов. Маркуса. При таких условиях разрушения с трудом налаженной организации без предупреждения и по неизвестным мотивам, я принужден сложить с себя ответственность за дальнейшую постановку дела агентурной разведки и за возможные сюрпризы на фронте. Понимая же, что подобное сложение с себя ответственности, занимающего определенную должность лица вообще недопустимо, прошу освободить меня от должности Начальника Регистрационного Управления для какого угодно иного назначения по усмотрению Реввоенсовета».
Рапорт Ауссема датирован 10 июня. В тот же день свое заявление начальнику Управления направил начальник инструкторского отделения Мобилизационного отдела Региструпра Н.М. Чихиржин-Назаров: «Довожу до Вашего сведения о том, что мною 8/VI вечером была обнаружена пропажа с моего стола списка с несколькими фамилиями разведчиков, 9-го утром после доклада мне было приказано найти этот список. Исполняя Ваше приказание я предложил Вам конкретные меры по отысканию списка в присутствии т.т. Федорука и Ипполитова. Вы со мной не согласились и допустили обидное для меня замечание о том, что я могу найти этот список в другом костюме, хотя Вы не могли не знать, что костюм у меня один и что я никогда с собою бумаг не беру. Кроме того Вы предложили мне отдохнуть. Конечно я устал, но наилучший отдых для себя я вижу в следующем. Я требую немедленного отстранения меня от занимаемых мною должностей — в.и.о. Начмобильотдела и начальника инструкторского отделения и предания меня суду Ревтрибунала, ибо я не могу, не хочу и не собираюсь нести дальнейшую ответственность в своем преступлении перед партией, революцией и Республикой. Прошу Ваших распоряжений о разрешении моим родным со мною живущим до приискания нового помещения, жить в моей комнате № 88. Копию настоящего препровождаю в Ц.К. Р.К.П. и т. Курскому». Чихиржин остался на своем посту. Ауссем 11 августа выбыл в распоряжение члена РВСР Д.И. Курского, его сменил Я.Д. Ленцман. А Ф.М. Маркус в августе 1920 года вернулся на должность начальника Регистротдела Юго-Западного фронта и одновременно возглавил Закордонный отдел ЦК КП(б) У.
06.09.1920 г. на своем заседании Политбюро ЦК РКП(б) принимает решение о создании закордонной разведки: «Учитывая ту сложнейшую международную обстановку, в которой мы находимся, необходимо поставить вопрос о нашей разведке на надлежащую высоту. Только серьезная, правильно поставленная разведка спасет нас от случайных ходов вслепую». На том же заседании принято предложение Л. Троцкого о создании комиссии по реорганизации Реги-струпра в составе: И.В. Сталина, Н.Н. Крестинского, Я.Д. Ленцмана, Д.И. Курского и Ф.Э. Дзержинского.
Поскольку необходимость изменения ситуации осознавалась и руководством РККА, в сентябре 1920 г. были утверждены вторые за этот год Штат и Положение о Региструпре, которые можно считать документами переходного периода — от войны к мирному времени.