Уже после войны, размышляя в своих мемуарах о крымском периоде своей деятельности, Павел Иванович сослался на письмо адмирала И. С. Исакова, который писал: «У немцев не было реальной возможности для высадки… Но, как видно, все были заражены психозом десанта, причем морского». Дальнейшие события показали правильность стратегических оценок и практических шагов Батова, его способность предвидеть развитие военных действий.
Проведение мероприятий по укреплению Перекопа и строительству оборонительных рубежей в северной части Крыма осложнялось отсутствием сил и средств. Особенно тяжело было с инженерной техникой. Снимать войска с Южного побережья Батов не мог, это было бы нарушением решения Ставки ВГК. В этих условиях ярко проявились организаторские способности Батова, его тесные связи с партийными и советскими органами в Крыму. По инициативе секретаря Крымского обкома В. С. Булатова к оборонительным работам было привлечено местное население, началось создание крымского народного ополчения. В этой работе неоценимую помощь оказали Симферопольский, Севастопольский, Феодосийский и Евпаторийский горкомы ВКП(б). С помощью пограничников было создано 33 истребительных батальона для борьбы с возможными воздушными десантами и отрядами националистов из числа крымских татар. Ядро истребительных батальонов составили коммунисты и комсомольцы. На Батова легла вся полнота ответственности за использование всех этих сил.
14 августа 1941 года в связи с угрозой, надвигающейся на Крым с суши (9-я и 18-я армии Южного фронта продолжали отступать), Ставкой было принято решение о создании в Крыму Отдельной 51-й армии. Ее командующим был назначен генерал-полковник Ф. И. Кузнецов. Началось формирование еще четырех стрелковых дивизий из местного населения. Батов был назначен заместителем командующего армией.
— Я с надеждой ждал командарма, понимал, что в создавшейся обстановке дело обороны Крыма требует высокой квалификации. Но с приездом Ф. И. Кузнецова мое положение еще больше осложнилось. Выслушав мой доклад, в котором я стремился доказать, что гроза идет с Перекопа и там должна создаваться основная группировка наших войск, командарм со мной не согласился.
— Поймите, Павел Иванович, мы должны по-прежнему ориентироваться прежде всего на противодесантную оборону. Не забывайте о задаче, поставленной Ставкой.
Но развитие событий вскоре заставило командующего армией изменить свою точку зрения и после выхода войск противника на западный берег Днепра выдвинуть на север Крыма три стрелковые дивизии: 276-ю — на Чонгарский полуостров и Арабатскую стрелку, 106-ю — на южный берег Сиваша и 156-ю — непосредственно на перекопские позиции. Из 100 тысяч войск, находящихся к этому времени в Крыму, на Перекоп было выдвинуто только 7 тысяч. Это было половинчатое, робкое решение, боязнь нарушить решение Ставки, несмотря на то, что оно уже не соответствовало сложившейся обстановке. Руководство этой группировкой было возложено на Батова.
Положение на Южном фронте продолжало ухудшаться. 26 августа Ставка потребовала от главкома юго-западного направления маршала Буденного «не допустить прорыва противника в направлении Перекопа». Но прорыв предотвратить уже не удалось, и 12 сентября передовые части 11-й немецкой армии генерала Манштейна вошли в соприкосновение с частями 156-й стрелковой дивизии на Перекопе. Впоследствии, анализируя Крымскую оборонительную операцию, Батов высказал мнение, что именно 12 сентября, а не 18 октября нужно считать ее началом. Манштейн хвастливо докладывал Гитлеру, что в ближайшее время с Крымом будет покончено. В 11-й армии было 7 пехотных дивизий и румынский корпус. В ее составе действовали лучшие фашистские моторизованные дивизии СС «Адольф Гитлер» и «Викинг». Превосходство противника, особенно в танках, было многократным.
Изменение обстановки требовало дополнительных мер но отражению наступления войск противника в северной части Крыма. Кроме трех дивизий, стоящих в обороне, была создана оперативная группа в составе двух стрелковых и не полностью укомплектованной кавалерийской дивизии. Основная задача этой группы состояла в нанесении контрудара в случае вражеского прорыва через Перекоп.
На Батова, которому была подчинена и созданная опергруппа, легла вся тяжесть борьбы за Крым на севере. Ожесточенные бои начались уже 17–18 сентября в районе Салькова и Арабатской стрелки.
Командный пункт Батова располагался в маленьком городке Армянске, но обстановка была настолько напряженной и быстро меняющейся, что большую часть времени он находился непосредственно в соединениях и даже частях с небольшой группой офицеров и средствами связи.