Летом 1920 года Фрунзе назначили командующим Южным фронтом. Михаил Васильевич, чьи войска взяли Бухару, приехал в Москву из Ташкента на спецпоезде. Когда состав прибыл на Казанский вокзал, появились чекисты и оцепили поезд. У чекистов был мандат на производство обыска и самого поезда, и помощников Фрунзе.
Красноармейские части разграбили Бухару. Чекисты предполагали, что поезд Фрунзе набит трофеями. Михаил Васильевич был разгневан, жаловался Ленину. Оргбюро ЦК постановило все же провести обыск в поезде. Но в присутствии Дзержинского или начальника Особого отдела Менжинского.
Фрунзе написал в ЦК еще одно письмо, выражая возмущение относительно «способа произведения в его поезде обыска, после которого его сотрудники чувствуют себя морально оскорбленными». Оргбюро постановило: «Уполномочить т. Фрунзе выразить его сотрудникам доверие от имени ЦК».
Дзержинский настаивал: ВЧК должна иметь собственные боевые части. Нарком по военным и морским делам и председатель Реввоенсовета Республики Троцкий был против: он не считал, что нужно создавать какие-то отдельные армии, лично ему не подчиненные. Хотя Дзержинский в конце концов настоял на своем и войска ВЧК сформировали, но они находились под контролем Реввоенсовета, то есть Троцкого.
В 1921 году Дзержинский сформировал отряд особого назначения, охранявший Ленина, потом мавзолей Ленина, а также такие важнейшие объекты, как Народный комиссариат финансов, Госбанк… Впоследствии отряд преобразовали в дивизию особого назначения имени Ф. Э. Дзержинского, существующую и поныне.
Вячеслав Менжинский был исключительно лоялен по отношению к наркому по военным и морским делам.
Троцкий вспоминал:
«Он явился ко мне в вагон с докладом по делам особых отделов в армии.
Закончив с официальной частью визита, он стал мяться и переминаться с ноги на ногу с той вкрадчивой своей улыбкой, которая вызывает одновременно тревогу и недоумение. Он кончил вопросом: знаю ли я, что Сталин ведет против меня сложную интригу?
— Что-о-о? — спросил я в совершенном недоумении, так как был далек тогда от каких бы то ни было мыслей или опасений такого рода.
— Да, он внушает Ленину и еще кое-кому, что вы группируете вокруг себя людей специально против Ленина…
— Да вы с ума сошли, Менжинский, проспитесь, пожалуйста, а я разговаривать об этом не желаю.
Менжинский ушел, перекосив плечи и покашливая. Думаю, что с этого самого дня он стал искать иных осей для своего круговращения».
На посту начальника Особого отдела Менжинского сменил Генрих Григорьевич Ягода, ему доверили следить за порядком в армии. Едкий в оценках наркомвоенмор так характеризовал приходившего к нему на доклад нового главного особиста:
«Ягода очень точен, чрезмерно почтителен и совершенно безличен. Худой, с землистым цветом лица (он страдал туберкулезом), с коротко подстриженными усиками, в военном френче, он производил впечатление усердного ничтожества».
Лев Давидович, как это с ним часто бывало, недооценивал других. Генрих Ягода не был ничтожеством и со временем станет наркомом внутренних дел. А традиция докладывать высшему руководству о настроениях, поведении, симпатиях и антипатиях высших чиновников заложена была еще в те годы.
При Троцком вооруженные силы могли постоять за себя. 15 октября 1922 года комиссар морских сил республики Вячеслав Иванович Зоф пожаловался Троцкому, что ГПУ (так теперь именовались органы госбезопасности) ведет расследование по поводу контрреволюционных настроений на Балтийском флоте:
«Самый вопрос был внесен ГПУ в Политбюро во время Вашего отсутствия из Москвы и без всякого предварительно ознакомления Морского ведомства… Несмотря на все попытки с моей стороны в Москве и со стороны руководящих опытных работников Балтфлота в Петрограде установить постоянные нормальные отношения в работе Морведа с органами ГПУ, со стороны последних до сего времени наблюдается явно предвзятое отношение к флоту».
На следующий день Троцкий написал Дзержинскому о «ненормальности и неправильности работы органов», упрекнул: чекисты занимаются военным флотом «без участия наиболее авторитетных партийных работников морского ведомства»; это уже приводило к крупным ошибкам.
Дзержинский тут же ответил Троцкому:
«Происхождение дела о настроении кронштадтских моряков было согласовано ГПУ с секретарем ЦК т. Сталиным, у него можно будет узнать о причинах, побудивших дать то, а не иное направление дела».
Ссылкой на санкцию Сталина Феликс Эдмундович только обострил ситуацию. Троцкий в тот же день попросил обсудить работу чекистов на заседании политбюро, убедительно обосновал свою позицию и одержал полную победу. В 1937 году его бывшего подчиненного Вячеслава Зофа, в ту пору директора завода «Компрессор», расстреляют как антисоветчика-террориста…
9 марта 1922 года политбюро утвердило секретное положение об особых отделах, перечислив их задачи:
«а) Борьба с контрреволюцией и разложением в Красной армии и во флоте.