В рамках реализации Указа Президента Российской Федерации «О снятии грифов секретности с законодательных и иных актов, служивших основаниями для массовых репрессий и посягательств на права человека», органами безопасности рассекречены и переданы на государственное хранение 1 млн 520 тыс. 720 уголовных дел, опубликованы сотни ведомственных приказов, директив и инструкций, на основании которых реализовался механизм репрессий. Рассекречены и, тем самым, стали доступны для исследователей в общей сложности более 7 млн листов.
Органы Федеральной службы безопасности, являясь правопреемником органов государственной безопасности, участвовавших по указанию высшего партийного и государственного руководства СССР в реализации механизма массовых репрессий, в настоящий период «реабилитируются» перед отечественным и зарубежным сообществом, проводя кропотливую работу по исполнению реабилитационного законодательства Российской Федерации. Работа, связанная с реабилитацией жертв политических репрессий, — одно из основных направлений деятельности архивных подразделений органов безопасности.
Согласно Закону о реабилитации политическими репрессиями признаются различные меры принуждения, применяемые государством по политическим мотивам, в виде лишения жизни или свободы, помещения на принудительное лечение, выдворения из страны и лишения гражданства, направления в ссылку, высылку и на спецпоселение, привлечения к принудительному труду в условиях ограничения свободы, а также иного лишения или ограничения прав и свобод лиц, признававшихся социально опасными для государства или политического строя по классовым, социальным, национальным, религиозным или иным признакам, осуществляющиеся по решениям судов и других органов, наделявшихся судебными функциями, либо в административном порядке органами исполнительной власти и должностными лицами.
3 августа 1992 г. Коллегия Министерства безопасности Российской Федерации приняла решение, на основании которого осуществляется комплекс организационно-штатных мероприятий, направленный на исполнение реабилитационного законодательства и иных нормативных актов, направленных на восстановление прав и законных интересов необоснованно репрессированных.
В органах безопасности были созданы специальные внештатные группы из опытных сотрудников органов безопасности — в том числе оперработников и следователей. Им поручалась не только работа с заявлениями и запросами, отбор и предварительная оценка архивных уголовных дел, но также подготовка проектов заключений и справок о реабилитации. Были отработаны схемы взаимодействия с органами прокуратуры, активизирована работа экспертных комиссий, налажено информационное обеспечение органов государственной власти и управления, предоставление материалов средствам массовой информации, повсеместно оборудованы помещения для приема граждан, организована работа открытого читального зала Центрального архива ФСБ России.
В Центральный архив ФСБ России и территориальные органы безопасности поступают обращения детей, внуков и правнуков репрессированных, граждан Российской Федерации и иностранных государств, а также различных организаций с просьбой установить судьбы безвинно пострадавших, места захоронений, найти без вести пропавших родственников, ознакомиться с материалами архивных дел и все реже поднимаются вопросы о реабилитации.
Для осуществления полномасштабной проверки по поиску архивных материалов необходимы следующие сведения в отношении репрессированного лица: фамилия, имя, отчество, год и место рождения, место проживания на момент ареста и, по возможности, место отбывания наказания.
При рассмотрении обращений организаций и частных лиц проверочная работа сотрудников архивов органов безопасности направлена прежде всего на поиск следственного дела на лицо, подвергшееся уголовному преследованию. Именно архивное уголовное дело является основным источником информации для потомков репрессированных. Помимо процессуальных документов дела содержат ценнейшую для заявителей информацию биографического характера, сведения о родственниках, письма, рукописи, фотографии и пр. Как правило, такие дела хранятся в архивах территориальных органов безопасности или в государственных архивах по месту рождения, проживания, осуждения лица, а также могут находиться в соответствующих информационных центрах органов внутренних дел.
Архивные уголовные дела на военнослужащих, арестованных особыми отделами воинских частей и осужденных военными трибуналами и судами за воинские и уголовные преступления до 1940 г. включительно, хранятся в Российском государственном военном архиве, а после 1941 г. — в Центральном архиве Министерства обороны.