В связи с выводом советских войск из Афганистана проводилось сокращение числа сотрудников Представительства (хотя к концу 1988 г. в Представительстве все еще находились 11 отделов, 6 групп, отдел кадров, секретариат, финансовое и хозяйственное отделения, медицинская часть, партком, опегруп-пы в провинциях Герат, Бадгиз, Кабул, Балх, Фарьяб, Джаузджан, Саманган, Кундуз, Баглан). В условиях экстремальной ситуации из афганских провинций выводились оперативные группы Представительства, сотрудники которых, как правило, отправлялись в СССР. Принимались меры по кардинальному изменению укоренившегося стиля советниче-ской работы. При общем сокращении численности Представительства была предложена новая концепция, значительно расширявшая возможности отбора нужных сотрудников, повышавшая мобильность подразделений в провинциях на случай экстремальных ситуаций, позволявшая сосредоточить личный состав в Кабуле по местам проживания в непосредственной близости от посольства СССР. Была изменена сложившаяся годами практика выделения советника для каждого (или почти каждого) подразделения МГБ в центре и провинциях. Сотрудники Представительства стали работать лишь с высшим руководящим звеном МГБ Афганистана (начальниками управлений и их заместителями).
Всего в 1988 г. из Представительства убыло свыше 400 военнослужащих и около 20 человек гражданского персонала. В сложных боевых условиях в 1988 году были контужены 3 офицера Представительства, в связи с тяжелой эпидемиологической обстановкой в стране 13 человек перенесли инфекционные заболевания.
К 1 января 1989 года оперативные группы Представительства оставались только в северных провинциях (Герат, Бадгиз, Балх, Фарьяб, Джаузджан, Саманган, Кундуз, Баглан). В конце января 1989 года В. А. Крючков в Кабуле провел встречу с немногочисленными оставшимися сотрудниками. Последняя группа (тех, кто должен был покинуть Афганистан до 15 февраля 1989 г.) улетала из Кабула в Москву 29 января. (В этой группе был и автор этих заметок. Командировка в Афганистан, продолжавшаяся три года и три месяца, была завершена.) После оптимизации структуры Представительства и сокращения аппарата главного военного советника в Кабуле оставались лишь небольшие группы численностью по 30 человек каждая, которые размещались на территории советского посольства. Все остальные сотрудники возвратились на Родину. Так, например, в 3-м отделе Представительства оставалось всего два человека: М. В. Стрельников и В. А. Кравцов. Весной и летом 1989 г. численность Представительства КГБ СССР в Афганистане несколько увеличилась. Советником по линии военной контрразведки в Кабул прибыл А. А. Добровольский.
Сотрудничество КГБ СССР со спецслужбами Афганистан велось по целому ряду направлений: обмен делегациями для решения вопросов взаимодействия и ознакомления с опытом работы; направление сотрудников КГБ СССР для работы советниками в афганских спецслужбах; обмена оперативной информацией; проведение совещаний по вопросам усиления деятельности на конкретных участках работы; совместное планирование и согласование конкретных действий; согласование различных планов работы; содействие в анализе получаемой информации и анализе оперативной обстановки; оказание помощи в подготовке нормативных актов; проведение мероприятии по агентурному проникновению в военно-разведывательные центры противника: организация взаимодействия при проведении совместных боевых действий по ликвидации вооруженных отрядов оппозиции: оказание помощи в подготовке национальных кадров: оказание материальной и финансовой помощи, поставки оружия, боеприпасов, военной и специальной техники.
В 1980-е годы делегации высокопоставленных сотрудников афганской разведки и контрразведки практически ежегодно посещали Москву и Ташкент, где изучали опыт работы органов КГБ СССР. Достаточно часто во главе делегаций были первые руководители афганских спецслужб (Наджибулла до 1986 года или Якуби в 1986–1990 годы) — в этом случае они принимались председателем КГБ СССР Андроповым (Чебриковым в 1982–1988, Крючковым в 1988–1991 годы).
Например, в октябре 1981 г. в Москве проведены переговоры о дальнейшем развитии сотрудничества между КГБ СССР и СГИ ДРА. Афганскую делегацию возглавлял Наджиб, которого приняли Ю. В. Андропов и В. А. Крючков. Руководитель афганских спецслужб рассказал об основных итогах работы с конца декабря 1979 по октябрь 1981 г., военно-политической обстановке в стране, вмешательстве США. КНР и Пакистана во внутренние дела Афганистана, расширении всесторонней помощи вооруженным отрядам оппозиции. Сотрудничество КГБ СССР с афганской службой безопасности отвечало национальным интересам Советского Союза, поэтому было подписано новое Соглашение о сотрудничестве.