Следственная работа в органах безопасности ДРА велась на низком профессиональном и правовом уровне. В 1978–1979 гг. большинство сотрудников следственного отдела не имели юридического образования и опыта работы. Аресты подозреваемых в совершении преступлений производились поспешно, часто без достаточных оснований. Никаких процессуальных документов на арест, обыск, возбуждение дела не составлялись. Следствие велось в упрощенном порядке до 5-10 дней. В результате применения в ходе следствия физического воздействия арестованные зачастую оговаривали себя и других и признавались в не совершенных ими преступлениях. Решение о наказании или освобождении арестованного принимал X. Амин по докладу руководителя службы безопасности, после чего приговор приводился в исполнение. Фактически в Афганистане в 1978 г. существовал внесудебный порядок рассмотрения дел о государственных преступлениях, не было уголовных и процессуальных законов, инструкций и положений о предварительном следствии. Руководство ДРА стремилось в короткие сроки парализовать деятельность оппозиции, при этом не считаясь с возможными нежелательными политическими последствиями отрицательной реакции внутри станы и за рубежом, что наносило ущерб престижу нового режима.
Для организации процессуальной и следственной работы афганских органов безопасности, в сентябре 1978 г. в Кабул прибыл сотрудник следственного отдела КГБ СССР К. Г. Насонов[426]
, уже имевший опыт советнической деятельности в Республике Куба. Насонов совместно с советниками Прокуратуры и МВД СССР подготовил проект декрета о предварительном следствии, дознании и прокурорском надзоре применительно к УПК РСФСР; разработал новую структуру и штаты следственного отдела службы безопасности, предусматривавшее увеличение числа следователей, создание оперативно-технического отделения и других групп, призванных обеспечить нормальную работу отдела; достигнута принципиальная договоренность с X. Амином о создании в системе органов безопасности трибунала для рассмотрения дел о государственных преступлениях. Насоновым оказывалась помощь новому руководству следственного отдела в налаживании работы, руководству и сотрудникам следственного отдела разъяснялась необходимость внедрения в практику расследования узаконенных правовых норм. Представительством КГБ СССР оказывало практическую помощь в налаживании работы следственного отдела органов безопасности ДРА путем участия специалистов КГБ в подготовке кадров, техническом оснащении, разработке документов и в консультациях по различным юридическим вопросам.Первоначально в структуре афганских органов безопасности был следственный отдел, в который направлялись лица, задержанные оперативными работниками афганской контрразведки. В основном это были те, кто распространял антиправительственные листовки, негативно отзывался о реформах. Среди арестованных было много парчамистов, критиковавших политику халькистов. Никаких постановлений о начале дознания не выносилось. Подозреваемых в контрреволюционных действиях допрашивали, показания записывали на отдельных листах бумаги. Главным доказательством виновности становились магнитофонные записи контрреволюционных разговоров и листовки, которые прилагались к протоколу допроса. Важно было получить от арестованного признание вины. Результаты следствия рассматривались руководством отдела, которое выносило заключение о виновности или невиновности, направляло его руководству органов безопасности, где комиссия определяла наказание. Лица, обвиненные в террористических высказываниях, попытках совершить диверсии или заговор, либо приговаривались к расстрелу, либо направлялись в тюрьму Пули-Чархи.
В середине 1980-х гг. следственный отдел был преобразован в Следственное управление, которое возглавил генерал Гани. В структуре управления было 12 отделов, которые занимались расследованием особо тяжких преступлений.