По всей Грузии начали создаваться независимые отряды боевиков, которые выдвинулись к границам Южной Осетии и Абхазии, жесткое национальное размежевание происходило в г. Сухуми, столице Абхазии. Дискриминации и увольнениям подвергались осетины, работавшие в Тбилиси. В трудном положении оказались и представители других национальных меньшинств. Громко звучал наиболее популярный среди грузинских националистов того периода лозунг «Грузия для грузин». Вскоре в Абхазии, Южной Осетии, а также в разных городах самой Грузии стали происходить инциденты, драки, столкновения с трагическим исходом. Были случаи, когда подразделения ВДВ и спецназ внутренних войск по тревоге поднимались ночью и перебрасывались вертолетами к реке Псоу на границу между Грузией и Абхазией. В начале января 1990 г. в Тбилиси снова начались массовые демонстрации, которые парализовали центр грузинской столицы на 15 дней. В такой обстановке в марте 1990 г. в Грузии прошли выборы в Верховный Совет. Националистические группы и течения, образовавшие блок, одержали на этих выборах победу над Компартией Грузии. Председателем Верховного Совета Грузинской ССР был избран Звиад Гамсахурдиа. Под его руководством было сформировано и правительство Грузии, которая уже с весны 1990 г. де-факто вышла из состава СССР и перестала подчиняться решениям, принимаемым в Москве.
В Армении конфликт между Народным фронтом и Компартией Армении, а также властями в Москве достиг такой остроты, что еще осенью 1988 г. М. Горбачев санкционировал арест шести руководителей Армянского Народного фронта, которые были отправлены в Москву и помещены в Бутырскую тюрьму. Это не остановило, однако, ни развития радикального националистического движения, ни обострения борьбы вокруг Нагорного Карабаха, которая все больше и больше принимала формы военного противостояния. Вскоре, однако, руководители Народного фронта были освобождены, а в Нагорном Карабахе было введено чрезвычайное положение, и для руководства этой автономной областью был создан специальный комитет, возглавляемый Аркадием Вольским, президентом Научно-промышленного союза СССР и народным депутатом СССР от Степанакертского территориального избирательного округа Азербайджанской ССР. На выборах в Верховный Совет Армянской ССР в марте 1990 г. Народный фронт одержал победу над Компартией Армении, и председателем Верховного Совета Армянской ССР был избран лидер Народного фронта Левон Тер-Петросян. Народный фронт сформировал новое правительство республики, которая де-факто, так же как и Грузия, вышла из состава СССР и не подчинялась решениям, приходящим из Москвы.
По еще более драматическому сценарию развивались события в Азербайджане.