Из республик Средней Азии самая сложная ситуация сложилась в 1989 г. в Узбекистане. Репрессии среди партийных и хозяйственных руководителей республики, прошедшие здесь в рамках так называемого «хлопкового дела», ослабили все структуры власти в Узбекистане. Коррупция в Узбекистане была. Но не больше, чем в других республиках Средней Азии или Закавказья. Не справляясь с непомерно большими заданиями по поставкам хлопка, узбекские власти и на нижних, и на верхних ступенях санкционировали приписки, а деньги, получаемые за хлопок, который существовал только в отчетах, распределяли между собой и получатели, и поставщики. Репрессии были, однако, огульными, а следствие велось с нарушением законных норм. В тюрьмах Узбекистана и Москвы оказалось много добросовестных людей, проступки которых были крайне незначительны. Едва ли не треть руководителей республиканского и областного звена оказалась в заключении или находилась под угрозой ареста. «Хлопковое дело» превратилось вскоре в «узбекское дело», и это крайне травмировало республику и ее элиту. Власть ослабла, и это стимулировало некоторые межнациональные конфликты, которые тлели и раньше, а теперь вспыхнули кое-где очагами пожаров. Еще в годы Великой Отечественной войны при незаконной и безжалостной депортации некоторых народов Кавказа и Поволжья сталинские власти избрали местом их нового поселения Казахстан и Узбекистан. В Узбекистан были отправлены крымские татары и турки-месхетинцы. Крымские татары были реабилитированы еще в 1967 г., и не без огромных трудностей возвращались в Крым на протяжении последующих 30 лет. Турки-месхетинцы также были реабилитированы, но они не могли вернуться на свою родину в Грузию из-за сопротивления грузинских властей. Этот небольшой народ, численностью около 40 тысяч человек, продолжал жить в перенаселенной Фергане. В самом начале июня 1989 г., когда в Москве еще шли заседания Первого съезда народных депутатов СССР, были получены первые телеграммы из Узбекистана о начавшихся там беспорядках и погромах, жертвами которых стали сотни семей. В конфликтные районы Ферганской долины были введены подразделения внутренних войск. Решение было достаточно быстрым: все семьи турок-месхетинцев на транспортных самолетах были вывезены в сельские районы Европейской России, где и были временно размещены со статусом беженцев. Узбекистан не имел в эти недели прочного руководства. Первым секретарем ЦК КП Узбекистана был тогда Рафик Нишанов. Он выдвинулся в высшие эшелоны партийного руководства сравнительно недавно. Еще в мае 1989 г. М. Горбачев предложил Р. Нишанову возглавить Совет Национальностей в новом Верховном Совете СССР, и Рафик Нишанович принял это предложение. Теперь надо было найти для Узбекской ССР нового сильного лидера. Р. Нишанов предложил кандидатуру Ислама Каримова, первого секретаря обкома Кашкадарьинской области, работавшего ранее на самых ответственных постах в Совете Министров Узбекистана, экономиста по образованию и по научной работе. Политбюро ЦК КПСС не сразу утвердило И. Каримова на посту фактического главы республики. Но другой кандидатуры так и не было предложено. С середины июня 1989 г. И. Каримов – первый секретарь ЦК КП Узбекистана. Он действовал быстро, жестко и решительно. Ему удалось быстро погасить назревавшие в разных областях республики национальные конфликты и консолидировать власть. В конце марта 1990 г. Верховный Совет Узбекистана ввел в республике пост президента и избрал на этот пост Ислама Каримова.