В 1866 году послушник Василий был пострижен в монашество с именем Варнава в честь святого апостола Варнавы. К тому времени 35-летний подвижник был уже зрелым мужем, воистину старцем, поражавшим братию и богомольцев способностями духовного рассуждения и мудрого назидания.
20-летний подвиг послушания принес свои обильные плоды (
В 1871 году он был рукоположен в сан иеродиакона, а в 1872 – в иеромонаха. Уже в начале 1873 года за выдающиеся способности отца Варнаву утверждают в звании народного духовника Пещер Гефсиманского скита.
Очень быстро он приобретает необыкновенную известность среди богомольцев. Люди явственно ощущали силу молитвы батюшки Варнавы. Ради Господа Бога любил он всех людей, особенно сострадал грешникам, и они всегда были предметом его особого попечения. Все больше и больше народа стало стекаться к отцу Варнаве за получением благословения, за советом и помощью, за утешением в скорбях. Люди явственно ощущали силу его молитвы. Смиренный старец имел особый дар духовного утешения – от него все уходили в радости о Господе, забыв земные скорби и печали. С раннего утра до позднего вечера, а порою и глубокой ночью, двери его убогой келлии были открыты для всех. Это при том, что он совершал чередные богослужения, а с 1890 года нес еще и послушание духовника скитской братии. Иногда отец Варнава принимал по несколько сот человек в день, отказывая себе в пище и отдыхе…
Почему нескончаемым потоком шел верующий люд к старцу Варнаве в великой надежде обрести утешение и понять волю Божию о себе? Порою одного взгляда на человека Божия достаточно, чтобы познать всю глубину своего падения, принести Господу сердечное покаяние и встать на путь праведной жизни. «
Не забывал подвижник и о своем любимом детище – Иверско-Выксунском женском монастыре, который требовал все большего внимания со стороны его устроителя. Всего за два года были построены благоустроенные общежития, деревянный храм и часовня, а к 1874 году главный 3-х престольный каменный храм, освященный в честь Иверской иконы Божией Матери.
В 1876 году было закончено строительство грандиозной каменной колокольни высотой 68 метров с главным колоколом весом 1076 пудов. В дальнейшем были возведены второй соборный каменный храм в честь Успения Пресвятой Богородицы, величественный собор в честь Пресвятой и Живоначальной Троицы, больница и богадельня с домовыми храмами, многочисленные хозяйственные постройки и около 20 новых каменных корпусов для насельниц обители. К 1887 году их уже было более пятисот.
Были построены каменный трапезный корпус с кухней, хлебопекарней и просфорней; две гостиницы для паломников; мастерские – живописные, златошвейные, рукодельные и другие; склады, амбары, погреба, собственная ферма, сады и огороды.
Однако, заботясь о внешнем благолепии и всем необходимом для жизни насельниц, окормитель обители главное отдавал внутреннему. Здесь все было направлено к прославлению Имени Божиего.
Это был особый, светлый мир, обитательницы которого не имели иной цели кроме достижения грядущих благ вечной жизни. Ранним утром многоголосый хор воспевал: «
За эти годы обитель стала одним из крупнейших женских монастырей России, как говорили – настоящей женской Лаврой, воистину светочем Православия – здесь подвизалось несколько сот инокинь и послушниц, ее посещали многочисленные паломники и богомольцы.
Отец Варнава имел постоянное попечение о благочестии насельниц монастыря и его благосостоянии. В течение десятков лет ему приходилось делить свое послушание между Гефсиманским скитом Свято-Троицкой Сергиевой Лавры, Иверской обителью Нижегородской губернии, Москвой и Петербургом, куда выезжал он к благотворителям и в Святейший Синод по делам устроения обители. Современникам великого старца оставалось только удивляться той непостижимой духовной силе, бодрости и неутомимости, которыми обладал иеромонах Варнава (Меркулов).