В эмиграции зарабатывал себе на жизнь торговлей каракулем; по некоторым данным, поддерживал басмачество. К старости почти ослеп, его банковские счета в Российском Государственном Банке были заблокированы по настоянию властей СССР. По некоторым данным, у эмира в этом банке хранилось около 27 миллионов рублей золотом, и ещё около 7 миллионов - в частных коммерческих банках России. Также известно, что летом 1917 года через посредничество русского резидента в Бухаре - Миллера и промышленника И. Стахеева эмир Сейид Алим Хан положил во французские и английские банки 150 миллион рублей. Таким же образом позднее были перечислены ещё 32 миллиона рублей. Завещал написать на своей могиле: «Эмир без родины жалок и ничтожен. Нищий, умерший на родине, - воистину эмир». Умер в Кабуле 5 мая 1944 года.
Многочисленное потомство эмира (около 300 человек) разбросано по всему миру: они преимущественно проживают в США, Турции, Германии, Афганистане, Пакистане, Иране и других государствах.
Один из сыновей бухарского эмира Шахмурад (принял фамилию Олимов) отрёкся от отца в 1929 году. Служил в Красной Армии, участвовал в Великой Отечественной войне (на которой потерял ногу), был награждён орденом Красного Знамени, после войны преподавал в Военно-инженерной академии имени В. В. Куйбышева.
Энвер-паша хоть и был свергнут в результате восстания, но не был убит, как ошибочно сообщил нашим героям Б.В. Анненков. В конце октября 1921 года, имея в руках информацию о составе, численности и дислокации частей Красной армии на территории БНСР, он принял решение противодействовать большевикам и поднять панисламское движение за освобождение Средней Азии от большевиков, для чего взял на себя миссию объединения отрядов басмачей в борьбе с советской властью, и перешёл в восточную часть бухарского государства, где возглавил басмаческие силы в этом регионе. Этому способствовал и созданный ещё ранее по его инициативе подпольный антисоветский Комитет национального объединения во главе с Верховным муфтием Ташкента Садретдином-ходжой Шарифходжаевым.
Энвер-паша с группой турецких офицеров двинулся в Восточную Бухару, переговариваясь с лидерами басмаческих отрядов. Службу басмачам паша начал в отряде Ишон-Султана. После этого он развернул активную деятельность по координации басмаческого движения, и был признан эмиром Сейид Алим-ханом главнокомандующим всеми басмаческими отрядами Бухары и Хивы и части Туркестана.
В феврале 1922 года руководимые Энвер-пашой басмаческие войска захватили Душанбе, затем был организован поход на Бухару. За короткое время он смог занять практически всю территорию Восточной Бухары и значительную часть запада эмирата. Советские представители неоднократно предлагали ему мир и признание его власти в Восточной Бухаре, однако Энвер-паша занял непримиримую позицию и требовал полного ухода советских войск из всего Туркестана.
В мае 1922 года Красная Армия предприняла контрнаступление, использовав реки Амударью, Пяндж и Вахш для переброски войск. Обладающий большим авторитетом Ибрагим-бек, который так и не признал окончательного главенства Энвер-паши, не пришёл ему на помощь. Энвер-паша потерпел несколько тяжёлых поражений, оставил Душанбе. При попытке передислокации энверовых войск в Локайской долине, - Ибрагим-бек неожиданно напал на отряды Энвер-паши с двух сторон, и нанёс ему значительный урон.
Энвер-паша переместился в окрестности Бальджуана, где был выслежен Красной Армией, и проиграл большую битву.
Энвер-паша был убит 4 августа 1922 года в бою с частями Красной Армии (8-я советская кавалерийская бригада) в кишлаке Чагана в 25 км от г. Бальджуана на территории бухарского государства (сегодня территория Таджикистана).
Чекист Георгий Агабеков в своих мемуарах описывает операцию по обнаружению местонахождения Энвер-паши (Агабеков с напарником под видом торговцев внедрились в местное население и с помощью подкупа выяснили дислокацию штаба Энвер-паши) и цитирует рапорт командира конного дивизиона, атаковавшего штаб Энвер-паши: «Штаб басмачей во главе с Энвер-пашой бросился в горы, но наткнувшись на эскадрон, посланный в обход, принял бой. В результате боя штаб противника уничтожен. Успели спастись только трое. 28 трупов остались на месте боя. Среди них опознан и Энвер-паша. Ударом шашки у него снесена голова и часть туловища. Рядом с ним был найден Коран».
Согласно воспоминаниям генерал-лейтенанта в отставке В. И. Уранова, Энвер-паша был убит в перестрелке в кишлаке Чагана в 25 км от г. Бальджуана (Таджикистан).
Могила Энвер-паши была местом паломничества до середины тридцатых годов, потом советскими властями холм был срыт, но могила продолжала посещаться местными жителями. Эта могила получила название мазора Хазрати-шох (мавзолея Святого Шаха). Прах Энвер-паши был торжественно передан президенту Турции Сулейману Демирелю таджикским лидером из Бальджуана Изатулло Хаёевым 4 августа 1996 года.