Начавшийся еще перед распадом СССР межнациональный конфликт в Нагорном Карабахе наложил серьезный отпечаток на процесс военного строительства в Азербайджане. На фоне ослабления центральной власти конфликт стал перерастать в фактическую войну между тогда еще двумя советскими республиками — Армянской и Азербайджанской. Еще до окончательного распада СССР в обеих республиках полным ходом начался процесс создания различных добровольческих вооруженных формирований, а затем и регулярных войск. Так, 5 сентября 1991 г. Верховный совет Азербайджанской ССР объявил о создании республиканского министерства обороны, после чего началось формирование регулярных частей.
Уже тогда, в 1991–1992 гг., в Азербайджане начали формироваться первые подразделения специального назначения. Их костяком становились бывшие военнослужащие Советской армии, зачастую имевшие опыт войны в Афганистане. В декабре 1991 г. был образован отряд специального назначения, на базе которого в феврале 1992 г. был сформирован 778-й отдельный батальон специального назначения (в/ч 778), который использовался как для разведывательно-диверсионных и войсковых операций, так и для охраны высокопоставленных лиц, посещающих прифронтовую зону. Данный батальон был расформирован летом 1993 г., но многие военнослужащие из него продолжили службу в других подразделениях, занимаясь разведкой, диверсиями и прочими специальными операциями.
Еще один созданный в 1992 г. 777-й отдельный батальон специального назначения (в/ч 777), изначально предназначавшийся для разведывательно-диверсионных операций в тылу противника, по ходу войны все чаще использовался для обычных войсковых операций из-за нехватки боеготовых регулярных подразделений. В конечном итоге этот батальон в 1993 г. был переформирован в мотострелковый полк, который после войны был преобразован в мотострелковую бригаду.
В 1992 г. в Азербайджане был сформирован и ряд других особых подразделений, включая шесть специальных рейдовых отрядов для рейдов на территорию противника. На базе двух таких отрядов в том же году был создан отдельный разведывательный батальон, преобразованный в 1993 г. в 776-й отдельный разведывательный отряд особого назначения.
На базе 772-го рейдового отряда осенью 1992 г. был создан 772-й батальон глубинной разведки под командованием Хикмета Мирзоева (впоследствии он стал командующим ССО министерства обороны Азербайджана).
Формируемые в спешке в условиях боевых действий ранние азербайджанские подразделения специального назначения испытывали немало проблем с вооружением, снаряжением и подготовкой. Тем не менее они оказались одними из наиболее боеспособных подразделений азербайджанской армии в ходе той крайне неудачной для Азербайджана войны.
Перемирие и окончание Карабахской войны в 1994 г. зафиксировало фактическую потерю Азербайджаном контроля почти над всей территорией бывшей Нагорно-Карабахской автономной области Азербайджанской ССР, а также рядом соседних азербайджанских районов. Официальный Баку никогда не мирился с этими потерями и все последующие два с половиной десятилетия придерживался однозначной позиции, что контроль над этими территориями будет возвращен мирным или военным путем.
Можно предположить, что после войны вышеупомянутый опыт использования специальных подразделений в ходе боевых действий заложил в высшем военном и политическом руководстве Азербайджана понимание того, что в будущей новой войне в Карабахе потребуются хорошо подготовленные и вооруженные силы специальных операций. Сказывалось и тесное взаимодействие Азербайджана с Турцией, которое наладилось в том числе и в военной сфере с самого начала 1990-х гг., ведь Турция имела давний опыт создания и применения сил специальных операций против курдских и леворадикальных группировок как внутри, так и за пределами страны. Турция еще в 1992 г. выделила в составе своих вооруженных сил командование специальных сил («бордовых беретов») в отдельный род войск, который подчинен непосредственно генеральному штабу вооруженных сил Турции.
Таким образом, почти через пять лет после окончания войны, 30 апреля 1999 г. при президенте Гейдаре Алиеве было принято решение о создании Сил специального назначения министерства обороны Азербайджана.
Структура азербайджанских сил специальных операций
В течение двух с лишним десятилетий с момента создания азербайджанских ССО власти республики год за годом создавали армию, способную победить в грядущей новой карабахской войне. Особую роль в этом должны были сыграть подразделения и части специального назначения, подготовке и оснащению которых отводилось большое внимание. В условиях горного рельефа на большей части предполагаемого театра военных действий сложно было переоценить важность подобных элитных подразделений легкой пехоты.