После разоблачения и ареста в июле 1742 г. камер-лакея Анны Леопольдовны А. Д. Турчанинова, прапорщика Преображенского полка П. Ивашкина и сержанта Измайловского полка И. Сновидова, готовивших ночное убийство Елизаветы, было предпринято усиление мер безопасности. Тогда же был разработан литерный маршрут срочной эвакуации государыни из Петербурга в Москву. На маршруте через каждые 20–30 верст держали сменных лошадей, и расстояние можно было преодолеть менее чем за двое суток. С учетом состояния дорог того времени и самой процедуры смены лошадей средняя скорость почти 30 километров в час впечатляет. При переездах в состав личной охраны Елизаветы входили минимум 30 лейб-компанцев и 12 гвардейцев-ездовых.
Важнейшим направлением деятельности Тайной канцелярии являлось противодействие организации заговоров, мятежей и сепаратистских движений. Например, в 1744 г. состоялось разбирательство очередной попытки освобождения Брауншвейгов, находившихся в Ранненбурге. И. Лопухин, бывший камер-юнкер при Анне Леопольдовне, в ходе допроса признался, что в рижском гарнизоне строятся планы похищения Ивана Антоновича. По его словам, заговорщики поддерживали связь с королем Пруссии. Интересно, что пруссаки, имевшие свою агентурную сеть практически по всей Европе, очень грамотно организовали работу при русском дворе «под чужим флагом»: связь с заговорщиками осуществлялись через австро-венгерского посла маркиза Бота. Получив подтверждение этой информации, Елизавета Петровна немедленно потребовала объяснений и у прусского короля Фридриха II, и у эрцгерцогини австрийской, королевы Венгрии и Чехии Марии-Терезии. Анну Леопольдовну с мужем и Ивана VI под усиленной охраной тайно перевезли из Ранненбурга в Холмогоры, а впоследствии переправили в Шлиссельбург.
В 1745 г. Тайная канцелярия арестовала и сослала г. Румберга камердинера наследника престола. В 1747 г. Елизавета Петровна приставила к Петру и его супруге, великой княгине Екатерине, камергера Н. Н. Чоглокова – так сказать, для присмотра. Без разрешения доверенного камергера обратиться к великому князю никто из придворных не мог. Каждого, кому наследник престола начинал симпатизировать, отсылали в дальний гарнизон. В 1748 г., во время охоты в окрестностях Москвы, егеря представили Петру подпоручика Ширванского полка Иоасафа Батурина. Последний стал уверять, что «признает императором» только великого князя и что «весь полк с ним заодно». Вскоре Батурин и егеря, устроившие встречу, были арестованы. Из их показаний императрица убедилась в отсутствии у племянника решительных намерений. Через третьих лиц она пригрозила ему заточением в крепость, напомнив, что случилось с сыном Петра Великого.
Что касается борьбы с иностранным шпионажем, то в июне 1742 г. (после начала русско-шведской войны 1741–1743 гг.) особым распоряжением российской императрицы в Секретной экспедиции Сената и Коллегии иностранных дел учреждались должности тайных агентов, обязанных вести проверку паспортов, досмотр судов и карет и наблюдать за приезжими иностранцами. В ходе никогда не прекращающейся тайной войны в 1744 г. был пойман шведский агент Александр Луетин, а в 1745 г. доверенный лейб-медик Елизаветы Лесток, участвовавший в возведением ее на престол, был разоблачен как тройной агент французской, прусской и британской разведок, от которых он получал вполне солидное обеспечение за предоставляемую политическую информацию. В процессе следствия было выявлено, что в некоторых ситуациях Лесток открыто противодействовал своим землякам – другим резидентам французского двора в России. Личные амбиции этого человека, желание играть ведущую роль в многоходовых комбинациях европейских дворов в окружении российской императрицы сыграли с ним злую шутку. В 1748 г. Лестока отправили в ссылку: сначала в Углич, а затем в Великий Устюг, где с ним продолжали работать по разоблачению других агентов европейских монархов при русском дворе.