Во многих директивах МВД указывалось на необходимость сотрудничества губернских жандармских управлений и розыскных отделений, однако реальное сотрудничество находилось в прямой зависимости от личных качеств начальников и понимания ими важности взаимной работы. По нашему мнению, наиболее целесообразным было бы создание единой системы органов государственной безопасности, в которых оперативная работа и следствие по политическим преступлениям находились в одних руках.
В сентябре 1902 г. заведующим Заграничной агентурой назначили Л. А. Ратаева, а в начале октября заведующим Особым отделом – С. В. Зубатова. Его преемником на должности начальника Московского охранного отделения стал ротмистр В. В. Ратко. По штатному расписанию в отделении значились помощник начальника, делопроизводитель, старший чиновник для поручений, два чиновника для поручений, журналист, делопроизводитель, два помощника делопроизводителя, чиновник для письма. К отделению были прикомандированы три офицера, девять писарей и два служащих по вольному найму. В отличие от Петербургского охранного отделения, Московское не имело юридического статуса.
Бывший начальник Московского охранного отделения П. П. Заварзин впоследствии писал, что в начале XX в. политический сыск в Российской империи был поставлен слабо, что многие жандармы и полицейские чиновники не знали элементарных приемов работы и практически не разбирались в программах политических партий. С. В. Зубатов первым в России поставил розыск на научную основу по западному образцу, введя систематическую регистрацию, фотографирование, конспирирование внутренней агентуры и т. п.
По инициативе Зубатова на должности чиновников Особого отдела пригласили ряд опытных офицеров-розыскников. В составе отдела появились два новых стола (отделения), руководители которых – Л. П. Меньшиков и Е. П. Медников – прибыли с Зубатовым из Московского охранного отделения. Меньшиков отвечал за координацию работы розыскных и охранных отделений. Он хорошо знал революционную среду, поскольку в молодости был участником одной из народовольческих организаций, и являлся опытным оперативником. Однажды под видом заграничного представителя революционной организации он объехал все известные явки, повидался с членами местных групп и провел «начальническую» ревизию. Меньшиков занимался и информационно-аналитической работой: составлением докладов, написанных по данным внутренней агентуры, а также сводок о революционных деятелях.
Медников заведовал наружным наблюдением. Летучий отряд при Московском охранном отделении расформировали, но его кадровое ядро (20 человек) вошло в состав аналогичного отряда при Особом отделе.
При Зубатове сформировались основные методы политического сыска в Российской империи: наружное наблюдение, агентурная работа, перлюстрация корреспонденции, информационно-аналитическое обеспечение. Большое внимание уделялось созданию нормативной базы оперативно-розыскной деятельности. Двадцать первого октября 1902 г. циркуляром Департамента полиции за № 6641 начальникам губернских жандармских управлений, охранных и розыскных отделений был направлен «
Один из признанных мастеров политического сыска, П. Заварзин писал о том времени:
«Под понятием „политический розыск“ подразумеваются действия, направленные лишь к выяснению существования революционных и оппозиционных правительству партий и групп, а также готовящихся ими различных выступлений, как то: убийств, грабежей, называемых „экспроприациями“ <…>.
Розыск по политическим преступлениям – одно, а возмездие по ним – совершенно другое, почему никаких карательных функций у политического розыска не было, а осуществлялись они в ином порядке. <…>
Высшее руководство розыском, как политическим, так и уголовным, сосредоточивалось в Департаменте полиции при Министерстве внутренних дел.
Как тем, так и другим ведали отдельные делопроизводства, действовавшие самостоятельно друг от друга. В числе различных отделов департамента существовало делопроизводство регистрации, заключавшее в себе фамилии, клички, фотографии, дактилоскопические и антропометрические данные, относящиеся ко всем без исключения лицам, проходившим по политическим и уголовным делам империи.