Был предусмотрен и вариант «тихого» устранения самозванца: дьяку Осипову надлежало тайно проникнуть в царские покои и заколоть «царя». В случае удачного покушения в роли виновных выставили бы поляков.
К вечеру 16 мая подготовка к перевороту была завершена. В Москве сосредоточились вооруженные сторонники заговорщиков, в город никого не впускали и не выпускали. Дома, где ночевали прибывшие на свадьбу Лжедмитрия и Марины Мнишек иноземцы, пометили условными знаками.
Караул наемников численностью в сто человек, несший службу у царского дворца, получил от имени Лжедмитрия приказ разойтись по домам. По разным данным, на посту осталось от тридцати до пятидесяти человек.
В четвертом часу утра (это время часто называют «часом переворотов») 17 мая 1606 г. колокольный звон возвестил о начале восстания. Все ворота Кремля были блокированы войсками. Василий Шуйский призвал идти на «злого еретика» во имя Божие, и через захваченные Спасские ворота заговорщики проникли на территорию царского двора. П. Басманов, пытавшийся защитить «царя», погиб от руки М. Татищева, возвращенного Лжедмитрием из ссылки. Стрельцы внутреннего караула, не участвовавшие в заговоре, вначале отогнали нападавших, но последние пригрозили истреблением стрелецких семей в слободах. Мария Нагая прилюдно объявила, что царь – не ее сын. После этого самозванца выдали толпе, убившей его: открытый суд над ним мятежным боярам был невыгоден, так как на суде вскрылись бы факты многократных предательств «родовитых придворных мужей».
Призыв «Смерть ляхам!» сработал: на улицах Москвы было убито свыше двух тысяч иностранцев, сторонников Лжедмитрия. Избежать смерти смогли только те, кто, как Вишневецкий со своим отрядом, храбро оборонялись или своевременно успели бежать из Москвы. Иноземных послов для исключения международных скандалов и связанных с этим проблем, заговорщики заранее взяли под защиту, выделив для этого 500 стрельцов. Успели уйти от расправы и некоторые русские сторонники Лжедмитрия, такие как дворянин Молчанов; убежище они нашли в Речи Посполитой.
Иностранные наемники на русской службе (не путать с подданными польского короля, прибывшими в Москву) практически не пострадали, поскольку сумели не только организованно отойти из Кремля, но и наладить серьезную охрану мест своего проживания. Попытки разношерстной самоуправляемой толпы «лихих московских людишек» поживиться в иноземной слободе получили сильный вооруженный отпор. Следует отметить, что охрану мест проживания иноземных наемников и их семей обеспечили и руководители заговора, с тем чтобы сохранить для нового государя надежных союзников. Некоторые из них впоследствии опубликовали воспоминания об этом времени, как, например, офицеры охраны К. Буссов и Я. Маржерет.
После удачного завершения заговора тело самозванца сожгли, пеплом зарядили пушку и выстрелили в сторону Польши, как бы символизируя конец грандиозного обмана. Некоторые представители духовенства предупреждали бояр о пагубности глумления над прахом, предрекая грядущие несчастья, но их не послушали.
Мятежники не предусмотрели всех негативных последствий своих вероломных действий. Боярский «верховой» заговор отнюдь не способствовал единению народа, разделившегося на многочисленные группировки приверженцев того или иного «царя» или претендента на трон. Интересы общества в очередной раз были принесены в жертву личным амбициям некоторых представителей российской правящей элиты.
Девятнадцатого мая на Красной площади сторонники Шуйского «выкрикнули» его новым царем; впоследствии они стремились представить это «избрание» общенародным делом.
Понимая незаконность захвата власти, Шуйский предпринял активные меры для создания своего положительного образа. Шагом в этом направлении стало некоторое ограничение самодержавной власти. Во-первых, царь не мог никого лишить жизни без приговора Боярской думы. Во-вторых, отменялась практика преследования целого рода (семьи) за проступок одного его члена в делах политических. В-третьих, было обещано не верить доносам без расследования и наказывать доносчиков за несправедливые наветы.
Нет сомнений в том, что все эти нововведения были предложены под давлением московских вельмож в обмен на поддержку в заговоре против Лжедмитрия I, кроме того, они служили боярам страховкой от возможных репрессий со стороны самого Шуйского. Однако Шуйский не собирался терпеть рядом с собой бывших соратников: уже в июле многих из них отправили в почетную ссылку. Так, князь Рубец-Моссальский был назначен воеводой в Карелию, боярин М. Салтыков – в Ивангород, боярин Б. Бельский – в Казань, князь г. Шаховской – в Путивль.