Поначалу Миллера более года активно допрашивали во внутренней тюрьме на Лубянке, давали ему писать родным в Париж письма для выявления его настроений (сами письма никуда так с Лубянки и не ушли, оставшись в деле секретного узника под номером 110, мифического Иванова), в декабре 1937 года в камеру этой советской «Железной маски» для допроса даже лично явился нарком НКВД Николай Ежов. Судя по неотправленным письмам Миллера и его заявлениям на имя Ежова, в долгом заключении на Лубянке белый генерал не сломался и ни в чем особенно каяться не стал. В письме Ежову он подчеркивает уже летом 1938 года незаконность его похищения в Париже, где он проживал по французским документам и с «нансеновским» паспортом политического беженца, очнувшись от действия хлороформа только в море на советском корабле. Миллер не просит в этих заявлениях милости к себе лично, требует только известить о его судьбе оставленную в Париже жену – родную внучку Натальи Гончаровой, вдовы Пушкина. Когда взамен низвергнутого Ежова на Лубянке утвердился Лаврентий Берия, он решил, что допрашивать старого генерала из РОВС больше не о чем, и дал команду его ликвидировать. Как следует из оставшегося в архивах НКВД рапорта, секретный узник Лубянской тюрьмы Иванов расстрелян ночью 11 мая 1939 года сотрудником НКВД Блохиным и начальником внутренней тюрьмы НКВД Мироновым, а труп его сразу же сожгли в печи крематория. К этому рапорту в следственном деле Миллера приложен даже текст приговора к смертной казни за подписью председателя военного суда СССР Ульриха, правда, тоже на имя Петра Васильевича Иванова, что начисто лишает это тайное убийство даже видимости судебной акции.
В Париже эту операцию возглавлял тогда главный специалист ИНО НКВД по тайным операциям Шпигельгласс, известный среди чекистов под кличкой Дуглас. Шпигельгласс лично сыграл роль «германского разведчика Штромана», на встречу с которым Скоблин привел генерала Миллера, и именно обладавший недюжинной силой Шпигельгласс лично втолкнул Миллера в ворота арендованной советскими разведчиками виллы на бульваре Монмаранси, где того отключили хлороформом. В документах НКВД остался и список главных участников похищения генерала Миллера, у чекистов проходившего как «Дело Старика»: Шпигельгласс, Орлов (он же Фельдбин, резидент НКВД в Испании), Глинский (резидент ИНО НКВД во Франции), Гражуль, Косенко. За похищение Миллера Шпигельгласс и другие участники операции получили очередные ордена и звания, хотя вскоре тот же Шпигельгласс был повторно «отблагодарен» родной спецслужбой расстрельным приговором, получив пулю от своих еще раньше вытащенного им из Парижа Миллера. Так внутренние репрессии в самом НКВД сплетались с акциями советской разведки в очередной кровавый узел.
Эта же история в итоге дорого обошлась и Скоблину с Плевицкой, прервав их карьеру чекистских агентов внутри РОВС. Очевидно, что-то уже подозревавший после исчезновения Кутепова в отношении Скоблина генерал Миллер перед уходом на встречу с «германскими разведчиками» оставил в штабе РОВС своему секретарю Кусонскому записку, извещая товарищей, что отправился на это рандеву по приглашению Скоблина. Текст этой записки ровсовцы сохранили, там четко написано: «У меня сегодня в 12 часов 30 минут свидание с генералом Скоблиным на углу улиц Жасмен и Раффе, он должен отвести меня на встречу с германским офицером». Но Кусонский вскрыл конверт с запиской лишь после очень долгого отсутствия Миллера. С этой уликой в руках помощники Миллера в РОВС Кусонский и Кедров после очередного загадочного исчезновения лидера организации устроили Скоблину допрос и предложили отправиться с ними для разбирательства в полицию, но тот сумел во время этой беседы выскочить из дома и скрыться. Его супруга, Надежда Плевицкая, бежать не успела и по указке РОВС за соучастие в похищении Миллера арестована французской полицией, осуждена французским судом к длительному тюремному заключению и умерла в тюрьме города Ренн в 1940 году уже под властью оккупировавших Францию немцев.
Французские спецслужбы так и не смогли тогда сложить точную картину похищения, утвердив в итоге версию о вывозе Миллера кораблем «Мария Ульянова» из порта Гавр и потребовав покинуть Францию советского дипломата Кислова (под этим именем в посольстве работал чекист Косенко). Хотя в эмиграции РОВС выдвигал и другие версии, в главных подозреваемых оставляя тот же НКВД. Внутри РОВС с 1937 года даже работала своя следственная комиссия по делу о похищении Миллера под началом известного белого генерала Эрдели, по совместительству с работой в РОВС подрабатывавшего на жизнь парижским таксистом. По некоторым сведениям, перед смертью в тюрьме Ренна Плевицкая рассказала детали похищения своему адвокату, отвергнув версию с кораблем и назвав местом временного содержания Миллера до вывоза в СССР некую виллу в районе Сен-Клу, арендованную разведчиками НКВД. Но оккупация Франции немцами не позволила проверить этот след.