Судоплатов в 1939 году разработал подробный план операции «Утка» с множеством различных вариантов ее исполнения, непосредственно начальником группы по этому делу назначив только что вернувшегося в Москву с фронтов Испании чекиста Наума Эйтингона, по оперативному псевдониму Том, опытного диверсанта с хорошим знанием испанского языка и навербованной им из испанских коммунистов агентурой. Сохранился даже план операции «Утка» за авторством Судоплатова, напечатанный тогда в единственном экземпляре для доклада Сталину и пролежавший долго в чекистских архивах, его даже недавно показывал в документальном фильме «Троцкий, обречен на убийство» его автор журналист Сергей Медведев. Под планом стоят подписи начальника внешней разведки НКВД Фитина, его заместителя Судоплатова и непосредственно начальника работавшей по делу группы Эйтингона, внизу стоит пометка: «Отпечатано в единственном экземпляре лично П. Судоплатовым»; так сохранялась секретность операции, что даже в верхах Лубянки о ней знали лишь несколько человек и сами были вынуждены печатать план. В нем в различных вариантах предполагалось в Троцкого стрелять, душить его, резать при близком контакте ножом, отравить его пищу или воду, взорвать целиком дом Троцкого под Мехико или его автомобиль при выезде в город. Наконец, были сформированы две боевые группы для ликвидации Троцкого. Первая состояла из мексиканских левых боевиков и агентов НКВД во главе с известным художником Сикейросом, она в операции Судоплатова называлась группой «Конь», и ее курировал советский разведчик Григулевич. Вторая группа называлась «Мать», поскольку ее руководителем была испанская коммунистка и агент НКВД Каридад Меркадер, а в группу входил как боевик ее сын Рамон Меркадер. Вместе с запасной группой «Мать» в Америку отплыл и возглавлявший всю операцию на месте Эйтингон, еще в Испании лично завербовав мать и сына Меркадер в агенты разведки Советского Союза.
Сама операция «Утка» сейчас достаточно описана во всех подробностях, на ней можно остановиться кратко. Как известно, в 1937 году по приглашению главы троцкистской социалистической партии США Шахтмана Троцкий прибыл в Нью-Йорк, а затем надолго обосновался в Мексике в гостях у лидера местных троцкистов Риверы, где и проживал до самой своей гибели в 1940 году. После скандала с Риверой, когда Троцкий влюбился в его очаровательную супругу, мексиканскую художницу Фриду Кало, Ривера указал своему духовному вождю и сопернику в любви на дверь, и Троцкий со своим окружением снял виллу в пригороде мексиканской столицы в Койокане. В Европе ему оставаться было опасно после нескольких ликвидаций НКВД его ближайших сторонников и секретарей и раскрытых планов покушений на самого Троцкого и его сына.
К тому же в 1933 году во Франции параллельно НКВД покушение на ненавистного им со времен Гражданской войны Троцкого готовили террористы белоэмигрантского РОВС из боевой группы генерала Туркула; на улице курорта Клермон-Ферран Троцкий чудом разминулся с поджидавшими его вооруженными боевиками РОВС Сподиным и Налетовым. В Мексике Троцкий был укрыт соратниками на хорошо укрепленной вилле в Койокане, пригороде Мехико, где за мощным забором со смотровыми башнями вождя мирового троцкизма охраняли два солидных кольца охраны – снаружи мексиканские полицейские, а внутри вооруженные охранники Троцкого из членов его движения под началом английского троцкиста Робинса. Именно на вилле в Койокане и разыгрался финальный акт операции «Утка», стоивший самому Троцкому жизни, его убийце Меркадеру двадцатилетнего заключения в мексиканской тюрьме Лекумбре, а его кураторам из советских спецслужб орденов и благодарности Сталина за ликвидацию опасного политического противника.