В целом органы ГПУ и военная разведка СССР уже с середины 20-х годов заняли доминирующее положение над Коминтерном. Чего стоят такие резолюции «штаба мировой революции», как обращение от 1929 года к ГПУ с просьбой разобраться с провокаторами в руководстве компартии Польши. Правда, долгое время такое сотрудничество было двухсторонним, и из ГПУ и Разведупра в 20-х годах тоже шла важная коминтерновскому руководству добытая спецслужбами секретная информация. Так, начальник ИНО ГПУ Трилиссер направил в ОМС Коминтерна служебную записку о проникновении, по сведениям агентуры ИНО, в Лейпцигское отделение компартии Германии тайного агента и провокатора полиции. Позднее разведка НКВД предупреждает Исполком Коминтерна, что английская контрразведка МИ-5 завербовала видного члена компартии Англии Драйберга, а в помещении ЦК КПА контрразведчики установили микрофоны. Из рассекреченных в конце ХХ века по истечении пятидесятилетнего срока секретности архивных документов МИ-5 нам сейчас известно, что эта спецслужба в 30-х годах действительно нашпиговала окружение генсека КПА Гарри Поллита своими информаторами. В 1926 году разведка ГПУ сообщала Коминтерну, что в Турции начальник тайной полиции Худан-Бей имеет некоего ценного агента из лазов (отуреченных грузин-мусульман) в самой верхушке турецкой компартии и глава здешней компартии Мамед Оранди обложен провокаторами и слежкой людей Худан-Бея. В 30-х годах такие встречные сообщения для Коминтерна с Лубянки становятся все реже.
Кроме ОМС, под контролем Лубянки оказались и такие специфические структуры Коминтерна, как комиссия нелегальной работы (связь с находящимися на нелегальном положении компартиями за рубежом, ее до своей смерти в 1935 году возглавлял литовский коммунист Мицкявичус), бюджетная комиссия Коминтерна (распределение денег из советского бюджета зарубежным коммунистам), военная секция Коминтерна.
Военную секцию возглавлял известный в Коминтерне финн Туури Лехен, один из красных финнов нашей Гражданской войны, позднее агент ИНО ГПУ, работавший под чекистской кличкой Альфред в ряде стран Европы, начальник штаба интербригады на войне в Испании. Его росту в Коминтерне помимо боевой биографии способствовала женитьба на дочери генсека финской компартии Отто Куусинена, занимавшего все 20 – 30-е годы ключевые посты в руководстве Коминтерна, хотя боевиком красный финн Лехен был действительно опытным и деятельным. Он заведовал в Коминтерне боевой подготовкой личного состава и написал множество оставшихся в архивах коминтерновских инструкций о том, кого отбирать и каким боевым дисциплинам учить. Вместе с Лехеном (Альфредом) обычно записки по боевой подготовке и отбору коминтерновских кадров на диверсионную работу подписывали такие специалисты по террору из коминтерновских руководителей и сотрудников советских спецслужб одновременно, как поляк Сверчевский (Вальтер), венгр Фрид (Дезидерий), немец Цайссер (Вернер) или бывший начальник внешней разведки ГПУ Трилиссер, работавший в Исполкоме Коминтерна под конспиративной фамилией Москвин.
ОМС, нелегальная комиссия и военная секция внутри Коминтерна с начала 20-х годов становятся важнейшими структурами этой организации. Нелегальной работе придается все больше значения, как и сбору через иностранных коммунистов нужных СССР разведывательных данных. Зачастую Абрамов-Миров, Мицкявичюс или Лехен негласно встречаются в Москве с представителями нелегальных и боевых структур национальных компартий, обсуждая с ними узкоспециальные вопросы без извещения официальных руководителей этих партий. Так, напрямую и с привлечением специалистов из ИНО ГПУ и Разведупра обсуждали с лидерами боевой организации болгарской БКП детали восстания в Болгарии в 1923 году. Из стенограмм этих бесед, кстати говоря, видно: у нелегального бюро БКП были свои тайные агенты не только в болгарской Полиции безопасности и армии, но и среди македонских террористов группировки ВМРО и даже в среде эвакуированных в Болгарию белогвардейцев Врангеля, информацию от которых через Коминтерн болгарские товарищи поставляли в ГПУ.