Подготовка кадров для разведывательных и диверсионных операций за рубежом оставалась главным направлением работы Коминтерна. Эта работа велась втайне и под кураторством НКВД и Разведупра. В подмосковном Кунцеве под контролем ОМС Коминтерна, ГПУ и Разведупра созданы специальные курсы по обучению коминтерновских рекрутов основам конспирации, боевой работы и радиоделу. Кроме курсов в Кунцеве у ОМС Коминтерна при кураторстве спецслужб СССР существовало еще несколько засекреченных объектов для подобной подготовки кадров. Например, специальная школа радистов и свой радиоцентр в подмосковном Пушкине, их возглавлял немецкий коммунист Шик, а кадры готовились для работы на те же спецслужбы. Схожая с ней радиошкола Коминтерна создана и в московском районе Ростокино.
При этом можно заметить, сколь сложны были отношения в этой системе. Ведь формально на бумаге Коминтерн никоим образом НКВД или Разведупру не подчинялся, а по ленинской логике эти спецслужбы Советского Союза должны были играть вспомогательную роль при головном центре мирового коммунистического движения. На деле же в сталинском СССР Коминтерн понемногу утрачивал свое решающее значение, все более становясь подконтролен НКВД, все более опутываем сетью ее агентов и осведомителей внутри самого Коминтерна и входящих в него иностранных компартий.
В конце 20-х и в самом Коминтерне наиболее дальновидные его вожди это поняли. Когда на заседании Исполкома Коминтерна (ИККИ) в 1927 году по инициативе Тельмана было предложено всем решительно осудить какое-то заявление Троцкого, которого большинство из присутствовавших вообще не читали, некоторые из не изживших прошлые иллюзии громко взроптали (среди них был даже в будущем верный сталинист Пальмиро Тольятти), и тогда глава болгарских коммунистов Коларов прямо сказал товарищам по ИККИ ключевые слова: «Сейчас Коминтерн обязан во всем поддерживать советское Политбюро, а не придираться к мелочам».
В начале 20-х годов еще пытались даже разграничить договорами сферы работы за пределами СССР для Коминтерна, ВЧК – ГПУ и Разведупра Красной армии. Такой основной договор был подписан 8 августа 1921 года, его подписали от ОМС Коминтерна Зиновьев и Пятницкий, от ВЧК Уншлихт, от Разведупра Зейбот. Понемногу этот договор о разграничении полномочий утратил силу в связи с реалиями середины 20-х годов, о которых уже говорилось выше.
В 30-х годах обходились уже без этого политеса и подписания двухсторонних договоров. Коминтерн был включен в сферу деятельности спецслужб и занял в ней подчиненное Лубянке место. И уже Спецотдел ГПУ Глеба Бокия, который отвечал за надзор над идейными взглядами властной элиты в стране, а заодно и за коминтерновское руководство, раз за разом организовывал свои проверки-комиссии в Коминтерне. Тогда как по ленинской модели руководство Коминтерна должно было заслушивать отчеты Лубянки, как лишь одной из служб безопасности одной из подчиненных себе компартий: ВКП(б) поначалу входила в Коминтерн и имела в нем свою секцию, пока Сталин не счел со временем это положение совсем абсурдным и отжившим свое время.
Формально никакого руководства над начальством Коминтерна Лубянка осуществлять не могла, он оставался независимой структурой. Но логика сталинской власти де-факто уже ставила Коминтерн в зависимость от НКВД. Все чаще даже самые высшие руководители Коминтерна, опасаясь ареста, писали друг на друга доносы. Все чаще даже главы иностранных компартий, отклонившиеся от сталинской политической линии или просто намеченные в очередные жертвы чистки, после вызова Коминтерном в Москву бесследно исчезали, увезенные в никуда печальным «черным вороном» НКВД с традиционным обвинением типа «работал на разведку Японии, а затем дал завербовать себя и польской разведке».
К последним годам своей жизни обескровленный репрессиями и чистками в нем Коминтерн превратился в настоящее болото слухов и доносов, где в его верхушке царил такой интриган, как главный финский коммунист Куусинен, где в Исполкоме Коминтерна за «правильной линией» надзирал верный сталинский комиссар в Коминтерне Мануильский, где забрасывал НКВД доносами на всю коминтерновскую верхушку чекистский агент Гуральский, по доносам которого посадили или расстреляли десятки коминтерновских работников.