Время больших репрессий стало еще одним ударом, ослаблявшим в 1937 году Разведупр. И также в те годы больших репрессий сворачивались налаженные сети, переставала выходить на связь со сменщиками репрессированных резидентов Разведупра завербованная ранее агентура. И так же как и в ИНО НКВД, перебегали к противнику или просто скрывались от вызова в Москву на расстрел за рубежом сотрудники военной разведки, как это сделал Креме в Китае. И, вынужденные за прикрытие и спасение оказывать услуги иностранным разведкам и выдавая известные им по долгу службы секреты разведки, они же наносили еще один удар по советским спецслужбам, косвенная ответственность за который тоже лежала на инициаторах зачистки в Разведупре и НКВД. А иногда от контактов с агентурой в Москве отказывались сами, поскольку, выбив из курирующих ее оперативников на следствии в НКВД признания в измене и работе на чужие разведки, в соответствии с дикой логикой тех лет и самих агентов односторонне объявляли вражескими подставами и дезинформаторами, разрывая с ними связь. Такого членовредительства самому себе и почти самострела в истории спецслужб еще не было. Известен, например, такой факт: когда в Москве обвинили в работе на японскую разведку и расстреляли почти всю резидентуру НКВД в Токио, включая бывшего резидента ИНО Шебеко (он же Журба), а эта сеть работала параллельно сети Разведупра под началом знаменитого Рихарда Зорге, то по тем же основаниям разорвали связи со всей завербованной людьми Шебеко агентурой. А в нее входили очень ценные агенты – «кроты» из числа кадровых сотрудников японской военной разведки и тайной полиции, с ними просто перестали выходить на связь и оборвали контакты. Даже в славящих советские спецслужбы «Очерках истории российской разведки» эта история до сих пор завуалирована стыдливой ложью о том, что этих агентов тогда смогли выявить и разоблачить японские контрразведчики из «Кэмпэй-Таи». Хотя авторам очерков отлично известно, что с этими агентами порвала все связи сама Лубянка, они так и остались для своих спецслужб не раскрытыми никогда, и потому даже сейчас их имена в тех же очерках спрятаны за оперативными псевдонимами типа Абэ или Сай.
В порядке такого своеобразного самострела в своих же спецслужбах сворачивались даже крупные проекты, разрабатываемые этими службами годами, на которые уже были истрачены огромные суммы. Так, с 1929 года на случай нападения на СССР из Европы любого условного агрессора в недрах Разведупра несколько лет разрабатывалась особая тактика разворачивания крупных партизанских соединений на занятой врагом территории. Впервые приказ о разработке такой концепции партизанско-диверсионной войны еще в 1924 году от Сталина получили тогдашние председатель ГПУ Дзержинский и нарком обороны Фрунзе. Это означало явный переход от потерпевших поражение надежд на экспорт революции в Европу к планам обороны единственной страны социализма во вражеском окружении, тогда вероятность вторжения с Запада в СССР была не столь еще неочевидна. И хотя Дзержинский и Фрунзе очень быстро после такой сталинской директивы о партизанстве покинули этот мир, их подчиненные и наследники в ГПУ и РККА вовсю разрабатывали этот план «Операции Д» более десятка лет.
Под эту концепцию размашистой народной войны под контролем кадров Разведупра закладывались партизанские базы со складами оружия и запасами продовольствия, подбирались кадры для руководства будущими партизанами, готовилась связь и явки. Несколько раз на Украине и в Белоруссии проходили даже тайные учения руководителей будущей партизанской войны, замаскированные под слеты партийных активистов или даже пикники грибников. В украинских областях сотрудниками ГПУ в начале 30-х годов под эту концепцию даже специально вербовались в тайные агенты служащие железной дороги, которые в случае вторжения с Запада врага на оставленных РККА территориях должны были предложить оккупантам свои услуги и организовать диверсии на путях и станциях. В Харькове на окраине города – Холодной горе существовала закрытая школа, где инструкторы ГПУ и Разведупра обучали азам партизанского дела командиров будущих отрядов.
До принятия идеологически жесткой установки на непобедимость Красной армии и войну только на вражеской территории разработчики «Операции Д» реалистично исходили из того, что при вторжении с Запада часть советской территории может быть занята врагом до линии неких особо крупных укрепрайонов. И именно в этой полосе украинско-белорусских областей и создавались базы для будущих партизанских отрядов и тайники с оружием. Хотя в начале 30-х этот план «Д» разрабатывали без учета возможности вторжения с Запада Германии, а самыми реальными кандидатами для нападения на СССР тогда считались Польша, Финляндия и Румыния.