В 2004 году Путин был избран президентом во второй раз. На внутреннем фронте были захвачены активы «Юкоса», гигантской нефтяной компании. Ее владелец, Михаил Ходорковский, был арестован в 2003 году и приговорен к девяти годам за уклонение от налогов и другие преступления. Приговор было расширен на втором процессе; он был освобожден только после сильного лоббирования в 2013 году. Ходорковский не смог понять изменение равновесия сил в России, противореча президенту и публично споря с ним. Он был одним из самых богатых людей в мире; согласно оценкам, после освобождения из тюрьмы и лагеря его состояние все еще составляло приблизительно 200 миллионов долларов.
2006–2007 годы стали свидетелями напряженных отношений России с ее соседями, такими как Украина, Грузия и балтийские страны. Дмитрий Медведев стал президентом в 2008 году, с Путиным в качестве премьер-министра – начало тандемной договоренности, которая позволила Путину играть ведущую роль в российской политике и после окончания своего президентского правления, ограниченного законом двумя сроками. Также в 2008 году Россия вступила в войну с Грузией. Война продлилась несколько дней и привела к потере Грузией Южной Осетии и Абхазии, которые стали «независимыми».
Была ограниченная оттепель в отношениях с Соединенными Штатами в 2009 году, но это длилось недолго. Отношения с европейскими странами и соседями России не улучшались, а на внутреннем фронте происходило медленное, но систематическое сокращение свобод, урезание гражданских и политических прав. Государство брало под свой контроль СМИ или оказывало на них давление, и победа Путина на выборах президента в марте 2012 года с 63 процентами голосов, отданными за него, поэтому не стала большим сюрпризом.
Медведев снова занял должность премьер-министра. Некоторые западные комментаторы полагали, что Медведев представлял собой умеренную альтернативу Путину как во внутренней, так и во внешней политике, но это предположение, как оказалось, было ошибочно. Он был выбран как раз потому, что он не преследовал политику, заметно отличающуюся от политики Путина, и при этом у него не было очевидных амбиций представить себя в качестве альтернативы.
Во время третьего президентского срока Путина последовало значительное ужесточение российской внутренней и внешней политики (например, присоединение Крыма в 2014 году). Демонстрации, проводившиеся представителями нового среднего класса и интеллигенции против «жуликов и воров», создали ошибочное представление о появлении сильной оппозиции, но это было неправильным пониманием ситуации. Поддержка националистической политики Путина привела к такому рейтингу его поддержки, который был выше, чем когда-либо.
Его агрессивная антизападная линия усиливала его положение дома. Как выразился один комментатор: пока цена на нефть и газ оставалась высокой, правительству не угрожала серьезная опасность.
Стиль правления был деспотичным, хотя официально использовался термин «вертикаль». Это означало, что приказы спускаются сверху вниз и не подвергаются сомнению, не говоря уже о возражениях. Эта система гарантировала, что время не тратилось впустую на обсуждения, но она не гарантировала эффективного управления. Были сделаны обещания бороться с коррупцией, напастью, мучившей Россию с незапамятных времен.
Были объявлены и различные социальные программы. Но в действительности мало что (если вообще, хоть что-то) было достигнуто в борьбе против коррупции, хотя иногда обвинения в коррупции использовались для того, чтобы победить или, по крайней мере, ослабить политических врагов. Определенные социальные программы не были выполнены или удались только частично.
На протяжении большей части этого времени у Путина было три начальника штаба. Второй, Владислав Сурков, который занимал эту должность с 2004 до 2011 год, был, безусловно, самым талантливым из них. Сурков начал работать на Путина на более низкой должности в 2000 году. Чеченец по отцу, он вырос в полностью русском окружении. Он был человеком идей, дополняя Путина, интерес которого к предмету был ограничен определенными основными позициями, такими как патриотизм/национализм. В большой степени именно Сурков дал режиму идеологию, включая идею ограниченной демократии (суверенной или управляемой демократии). Согласно сообщениям посвященных лиц, Путин всегда держал его на расстоянии, так как Сурков происходил из мира бизнеса (или связей с общественностью, чтобы быть точным) и никогда не имел ничего общего с органами.
Сурков также, кажется, был немного более либеральным, чем другие в этой группе, не испытывал большого восторга по поводу более жесткой, более диктаторской линии Путина после 2010 года. Во время массовых протестов в 2012 году, он, как сообщается, сказал, что «среди протестующих были некоторые из лучших людей в нашей стране», и это высказывание не могло понравиться консервативному большинству в руководстве.