В январе 1605 года царевич беспрепятственно занял Севск, расположенный в центре Комарицкой волости. Здесь царевич, как отмечал Карамзин, «набрал доброе число крестьян, которые приучались к оружию».
20 января войска Мстиславского вновь встретились с армией царевича неподалеку от Чемлыжского острожка. Здесь военная удача оказалась на стороне Мстиславского. Царевич потерял всю свою пехоту.
Слухи о погроме армии царевича в Комарицкой волости разнеслись по Руси, но его сторонники удерживали в своих руках на севере Кромы, на юге Путивль, на западе Чернигов.
В марте 1605 года власть Дмитрия признали крепости Елец и Ливны. В руки повстанцев перешел Курск. Восстания в южных крепостях смешали планы московского командования и изменили всю военную ситуацию.
Мстиславский и Шуйские предприняли попытку штурма Кром. Бои продолжались несколько недель, но Дмитрию удалось отстоять Кромы.
Под влиянием военных неудач Годунов тяжело заболел и пришел в состояние уныния и апатии. 13 апреля 1605 года Годунов скоропостижно скончался. Через три дня после кончины Бориса царем нарекли его сына Федора Борисовича. Но присяга новому царю не внесла успокоения в умы, а усилила их брожение.
Дмитрий предпринимает поход на Москву. В конце мая 1605 года в Москве вспыхнула паника.
1 июня в Москву въехали два гонца Дмитрия — Пушкин и Плещеев. Они огласили с Лобного места на Красной площади грамоту Дмитрия, после чего толпа «пала ниц». Узнав о появлении толпы на площади, бояре поспешили к патриарху и известили его о «злом совете московских людей».
Народ, собравшийся на Красной площади, потребовал к ответу думных бояр. Потребовали прибытия князя Василия Шуйского, который в свое время расследовал в Угличе дело об убийстве малолетнего царевича. Шуйский явился на Лобное место и во всеуслышание сообщил, что царевича действительно некогда спасли от посланных Годуновым убийц. В могиле, дескать, покоится некий поповский сын. Его слова подтвердил Богдан Вельский, родной дядя царевича.
Население бралось за оружие. Толпа ворвалась в Кремль. Восставшие захватили царя Федора и его мать царицу Марию. Царица пыталась скрыться, но ее схватили, по пути сорвали жемчужное ожерелье. Дворцовая стража разбежалась без сопротивления. Восставшие бросились в вотчины Годуновых, находившиеся в окрестностях столицы. Там они «не токмо животы пограбили, но и хоромы разломаша и в селах их и в поместьях и в вотчинах также пограбиша». Погрому подверглись не только подворья Годуновых, Сабуровых и Вельяминовых, но и многие другие богатые дворы.
Как отмечает Скрынников, восстание в Москве в 1605 году оказалось самым бескровным из всех московских восстаний XVII века.
В Архангельском соборе Дмитрий, обливаясь слезами, припал к гробу Ивана Грозного и объявил, что «отец его — царь Иоанн, а брат его — царь Федор».
Первым делом по прибытии в Москву Дмитрий принял меры по возвращению матери инокини Марфы из заточения. Она признает его и благословляет сына. Оказывается, еще при царе Борисе она была опрошена и заявила, что сын ее жив, после чего она была заключена в Троице-Сергиеву лавру под строгий надзор. Дмитрий встретил в Москве свою мать при большом стечении народа. Никто теперь не сомневался, что на московском престоле настоящий сын царя Ивана. Инокиня Марфа была помещена в Вознесенском монастыре и была окружена исключительными заботами. Дмитрий бывал у нее каждый день и оставался по нескольку часов. Более того, оказывается, еще и раньше, до бегства в Литву, Дмитрий тайно встречался со своей матерью Марией Нагой в монастыре на Выксе. Об этом говорит известная летопись «Иное сказание».
Дмитрий становится законным царем. Следует заметить, что при нем улучшилось экономическое положение страны. Ему удалось в короткий срок справиться с голодом в России. Боярская дума слабела, а влияние царя возрастало. Дмитрий принимает императорский титул. Он становится первым в русской истории императором. Вводится пышный придворный ритуал, заимствованный из Византии, растет раболепие подданных. Дмитрия окружают польские секретари.
Боярской Думе, естественно, не нравилось усиление роли нового императора, и бояре искали нити управления страной. Плелись паутины заговора против Дмитрия.
Душою московского заговора были князья Василий, Дмитрий и Иван Шуйские, бояре братья Галицкие, Михаил Скопин и Борис Татев, Михаил Татищев, окольничий Иван Крюк-Колычев, дети боярские Валуев и Воейков, московский купец Мыльников и другие лица.
Слухи о заговоре дошли и до Дмитрия, и он заменяет охрану дворца.
2 мая 1606 года в Москву прибыла с хорошо вооруженной свитой Марина Мнишек, с которой он был обвенчан еще в Польше.
Брак Дмитрия с Мнишек был не по душе боярству. Распускаются новые слухи, что царь поганый, некрещеный иноземец и он оскверняет московские святыни.
17 мая 1606 года вооруженные заговорщики во главе с Шуйскими двинулись к Кремлю. Они приказали бить в колокола, и тревожный набат поднимал народ. Толпу подогревали провокационными криками: «Поляки бьют государя!»
Начались погромы иностранцев, находившихся в Москве.