Произошли в изучаемую эпоху, по Гарнаку, и очень важные изменения в положении Церкви как таковой. С этих пор истинным христианством стали считать только такое, какое носило имя апостольского и которое могло доказывать, что оно таково. Естественным следствием этого воззрения было то, что теперь поставили в связь апостольство с епископством и епископов признали преемниками «благодати истины», принадлежащей апостолам. Подобное представление должно было гарантировать истинность христианской веры. Если до сих пор христиане смотрели на Церковь как на святую Церковь, и основание этого воззрения находили в учении, что Бог дарует Церкви Духа Своего, то теперь епископов стали считать носителями этого Духа, и святость Церкви поставлена в связь с указанным преимуществом епископов. Произошли и другие перемены. Важнейшей из них было то, что для успеха победы над миром Церковь сделала многие уступки в пользу мира. Церковь стала различать двоякого рода нравственность: высшую, назначенную для избранных (отсюда впоследствии развилось монашество), и низшую — для большинства. Мало этого: она выставила одни нравственные требования для духовенства и другие — для мирян. Но так как члены Церкви не всегда выполняли и ослабленных требований, то для охранения чистоты Церкви предстоятелями Церкви было усвоено себе право прощать грехи, право как бы повторять таинство крещения, отпускающее все грехи. Все это вместе взятое чрезвычайно возвысило класс иерархических лиц. «В кругах мирян вера в благодать Божию стала ослабевать, и доверие к Церкви усиливаться». Присвоив себе право разрешать грехи, Церковь «стала действовать во имя Бога и вместо Него»; «епископ фактически сделался судьей vice Christi». На месте христианства, имевшего в своей среде Св. Духа (первохристианский энтузиазм), выступило учреждение Церкви, обладающее каноном (instrumentum divinae litteraturae) и духовной должностью (епископат). При всем этом Гарнак не соглашается с теми учеными, которые думают, что с такими переменами Церковь стала ниже по своим свойствам, чем христианство предыдущего времени. Он приписывает ей много достоинств. «Она уничтожила всякий остаток исключительности (сепаратизма) и стала в собственном смысле кафолической». Еще «кафолическая Церковь благодаря мудрости, осторожности и относительной строгости большинства епископов сделалась опорой гражданского общества и государства» (S. 296, 318, 329, 331, 334–336 и 343).
2) Развитие теологической науки и христианского вероучения.