Эта война велась на нескольких фронтах. В Италии Цезарь встретил слабое сопротивление. Город за городом открывал перед ним ворота безо всякой борьбы; когда он оказывался вынужденным сражаться, его закаленные в боях войска становились опасным противником для всякого, кто противостоял им. Всего через два месяца после пересечения Рубикона консулы бежали в Далмацию, где вскоре соединились с самим Помпеем. Цезарь не стал его сразу преследовать, поскольку неприятель сохранял контроль над Адриатикой. Вместо этого он отправился по суше в Испанию — твердыню мощи Помпея на западе. По дороге он ненадолго задержался у независимого города Массилии (совр. Марсель) и, сочтя, что население его лояльно по отношению к Помпею, начал его осаду; наконец он пересек Пиренеи с сорокатысячной армией. Ему противостояло не менее 70 000 человек под командованием трех военачальников Помпея. Но Цезарь без труда перехитрил их, и они, увидев, что окружены, прекратили сопротивление и капитулировали. Когда он вернулся к Массилии, город также сдался. Теперь Цезарь готов был вступить в решающую схватку.
Рассеяв врагов, Цезарь без труда добился избрания консулом в 48 г. до н. э. Затем он начал преследование Помпея, который той порой находился в Греции. Попытка блокировать главную базу Помпея и плацдарм под Диррахием (ныне Дуррес в Албании) провалилась, но в 200 милях к юго-востоку оттуда в знойный день 9 августа 48 г. до н. э. на равнине под Фарсалом в Фессалии обе армии наконец встретились. Цезарь, которому помогал молодой военный трибун Марк Антоний, командовавший его левым флангом, вновь одержал легкую победу. Помпей, как сообщают, обратился в бегство одним из первых. Он добрался до побережья, а оттуда до Египта, царь которого, Птолемей XIII, совсем еще мальчик, был его верным сторонником, предоставлявшим ему корабли и продовольствие. Но Птолемей хотел принять сторону победителей, и когда Цезарь, идя по следам врага, прибыл в Александрию, то нашел Помпея убитым.
Тем не менее путешествие Цезаря не оказалось напрасным. Незадолго до этого Птолемей изгнал свою двадцатилетнюю сводную сестру, жену и соправительницу Клеопатру, и требовалось провести судебное разбирательство. В данном случае оно приобрело необычную форму: Клеопатра тайно вернулась в Египет, чтобы защищать свое дело, после чего Цезарь, которому к тому моменту исполнилось пятьдесят два года, сразу же соблазнил ее и доставил во дворец в качестве своей любовницы. Разъяренный Птолемей взял дворец в осаду, но вскоре подошли значительные силы римлян, которые 13 января 47 г. до н. э. и разгромили египтян в битве у Марейогейского озера; тогда же погиб и Птолемей. Цезарь посадил Клеопатру на египетский престол вместе с ее юным братом, Птолемеем XIV, в качестве соправителя. Египет превратился в государство — «клиент» Рима. Перед самим же Цезарем до его возвращения в Рим стояла еще одна задача — примерное наказание Фарнака, сына старого смутьяна Митридата Понтийского, который оказался во всем похож на отца. С семью легионами он быстро двинулся на север, через Сирию и Анатолию, но экспедиция едва не закончилась катастрофой. 2 августа, когда римская армия разбивала лагерь близ Зелы (совр. Зиле) в Центральной Анатолии, Фарнак атаковал ее. Легионы оказались застигнутыми врасплох. Положение спасли только опыт и дисциплина. После случившегося, как пишет Плутарх, Цезарь сообщил в Рим о победе словами, которые известны каждому школьнику, — veni, vidi, vici («пришел, увидел, победил»).[60]
Помпей погиб, но двое его сыновей оставались непобежденными и нужно было выиграть еще две кампании — в Африке и в Испании, прежде чем считать гражданскую войну законченной. Теперь, как это не раз бывало, Цезарю предстояло решить проблему обеспечения ветеранов землей, которую они заслужили и на которой могли бы поселиться. Он основал несколько колоний в Италии и, поскольку на Апеннинском полуострове для всех воинов земли не хватало, еще более сорока за морем, в провинциях, в том числе в Карфагене и Коринфе. Эти колонии предназначались не только для ветеранов, к ним намеревались присоединиться примерно 80 000 безработных римлян. Тем самым были посеяны семена длительной романизации побережья Средиземноморья, следы которой сохранились до наших дней.