По сообщениям Ермолинской летописи, ко времени низложения Василия II Иона уже находился «на митрополиче дворе на Москве», хотя все еще именовался епископом Рязанским и Муромским63
. Несмотря на разгар феодальной войны второй четверти XV столетия и чрезвычайной ситуации, связанной с изгнанием с русской митрополичьей кафедры униата Исидора, а также разрывом с униатским Константинополем, для поставления Ионы на митрополию имелось каноническое основание. При возведении Исидора в митрополиты Ионе Рязанскому патриархом Иосифом II было обещано, что он займет его место после смерти Исидора64, но великий князь Василий II все же не успел этого сделать из-за политической нестабильности в Москве. Таким образом, канонический статус Ионы был какое-то время не определен, чем воспользовался в своих интересах Дмитрий Шемяка, который пообещал Ионе поставить его на митрополичью кафедру65. Иона принял предложение Шемяки, так как последний пообещал освободить из заточения Василия II, и вскоре отправился в Муром, чтобы уговорить бояр передать ему сыновей низложенного великого князя. Полагают, что, давая согласие, он хотел добиться примирения враждующих сторон и скорейшего окончания усобицы. Однако Шемяка нарушил данное Ионе обещание: не освободив Василия, он отправил его сыновей к отцу в угличское заточение. Епископ Иона сопроводил Васильевичей в Углич, после чего Шемяка «повеле ему ити къ Москве и сести на дворе митрополичи, Иона же тако и сътвори»66. То, что Шемяка нарушил данное обещание, возмутило не только Иону, но и других представителей клира (епископов, монахов и пр.), также значительную часть боярства, не желавшую служить узурпатору. Особенно резко выступал против Шемяки преподобный Макарий Унженский и Желтоводский67. Все это в итоге побудило Шемяку выпустить Василия Темного и его сыновей из заточения. 15 сентября 1446 г. в Угличе состоялся собор духовенства и московской знати, на котором Василий Темный по требованию Шемяки отрекся от великого княжения, после чего был освобожден вместе со своей семьей и получил в удел Вологду. Примирение между князьями было скреплено крестным целованием и «проклятыми грамотами», согласно которым нарушитель договора подлежал отлучению от церкви. Вскоре Василий Темный сумел избавиться и от данных Шемяке обещаний: он посетил Кирилло-Белозерский монастырь, где его настоятель игумен Трифон — ученик Кирилла Белозерского — освободил Василия от крестного целования, объявив, что вместе с монахами принимает этот грех на себя. Затем Василий Темный уехал из Вологды в Тверь к тверскому князю Борису Александровичу, который пообещал ему помощь. Ю.Г. Алексеев отмечал, что «в политической системе Русской земли Тверь занимала особое место. Она ни фактически, ни формально не подчинялась Москве, сохраняя максимум возможной самостоятельности. Хоть борьба за первенство на Руси отошла для Твери в прошлое, тверские князья ревниво и опасливо следили за успехами Москвы и традиционно видели своего ближайшего союзника в лице великого князя Литовского. Борис Александрович был, как мы видели, еще недавно союзником Шемяки. Теперь он переменил фронт. Слепой Василий казался ему гораздо менее опасным на московском столе, чем деятельный, энергичный Шемяка. Борис Тверской был теперь готов оказать помощь Василию. Вот почему он «дал ему у себя поопочинути», воздал ему «честь великую» и «дары многи»68, а также дал Темному войска, о чем красноречиво сообщает «Инока Фомы Слово Похвальное», «…И в ту же зиму, не по многих днях, послали: великий князь Борис — своего воеводу Льва, а великий князь Василий — своего воеводу Плещеева к Москве. И дивно: небольшим числом, в девяносто или сто человек, освободили город, и захватили наместника, и овладели городом. А ведь в городе том находилось несколько десятков тысяч человек. Но кто же смел руки поднять на таковых государей! …И в ту же зиму, через несколько дней, пошел великий князь Борис, собрав все свое воинство, на князя Дмитрия. А с ним брат его великий князь Василий вышел из славного города Твери. И за тридцать поприщ до городка под названием Редына пришла весть о том, что, де, князь Дмитрий побежал в дальнюю часть страны. И великий князь Василий стал уговаривать великого князя Бориса возвратиться, поскольку князь Дмитрий уже повернул вспять и бросился в бегство. Но великий князь Борис обещался стоять до смерти с великим князем Василием. И когда все же умолен он был им, тогда воздал ему, брату своему, великому князю Василию, великую честь и многие дары и отпустил его на исконное его княжение»69.