Условием и гарантией союза он поставил излюбленное Средневековьем средство — династический брак (тверская княжна Мария обручилась и была выдана замуж за старшего сына и наследника Василия II Ивана Васильевича, будущего великого князя Ивана Васильевича III). Инок Фома в «Слове Похвальном» подробно описал и эти события: «…И в ту же зиму обручил великий князь Василий сына своего, князя Ивана, с дочерью великого князя Бориса, великой княжной Марией. И был при том обручении боголюбивый епископ тверской Илия и все князья и вельможи, сколько их ни есть под властью великого князя Бориса; а от другой стороны — сам великий князь Василий и с ним множество князей и бояр. Так было там многолюдно, что город не мог всех вместить. И была радость великая. Как и сказали мы раньше, обратил Бог плач на радость. И москвичи радовались, что учинилась Москва Тверью, а тверичи радовались, что Тверь стала Москвой, два государя соединились в одно»; «Женился сын великого князя Василия, великий князь Иван, и взял за себя дочь великого князя Бориса, великую княжну Марию»70
.Вскоре в Тверь стали стекаться все, кто был недоволен Шемякой, и уже 24–25 декабря 1446 г. войско Василия Темного вступило в Москву. Дмитрий Шемяка и его единомышленники бежали в Галич, а затем в Чухлому.
29 декабря 1447 г. в Москве состоялся церковный собор с участием нареченного митрополита Ионы, епископа Ефрема Ростовского, Авраамия Суздальского, Варлаама Коломенского, Питирима Пермского и других, который направил Шемяке послание, в ультимативной форме содержавшее требование признать главенство великого князя Василия II. В противном случае ему грозили отлучением от церкви. Угрозы возымели действие, и уже в начале 1448 г. Дмитрий Шемяка и поддерживавший его Иван Можайский скрепили свое обещание подчиниться власти великого князя Василия «проклятыми грамотами».
Смута лишь отсрочила, но не сняла с повестки дня вопрос об установлении церковной независимости Руси. Как только положение вернувшегося к власти великого князя Василия II в Москве укрепилось, идея самостоятельного, без санкции Константинополя, поставления русского митрополита была реализована на практике. 15 декабря 1448 г. по инициативе великого князя Василия Васильевича на митрополию Киевскую и всея Руси был поставлен епископ Рязанский и Муромский Иона71
. Это было сделано для укрепления союза против Литвы, с которой шла война.Указанное событие стало отправной точкой отсчета автокефалии Русской церкви, но не искоренило противоречия внутри русского клира — главным образом между представителями Твери, которая еще сохраняла независимость, и Москвы. Летописи подтверждают, что Илия, епископ Тверской, отсутствовал на поставлении митрополита Ионы в 1448 г., ограничившись присланной в его адрес грамотой: «Новогородскои архиепископъ Евфимеи и епископ Тверьски (Илия) грамоты свои прислаша, что с ними единомыслени на поставление на митрополию Ионы владыкы Рязаньского»72
. Таким образом, начиная с епископа Илии отсутствие тверских иерархов на важных церковных соборах в Москве становится явлением едва ли не постоянным. С установлением автокефалии Русской митрополии роль Москвы в церковных делах усиливается и становится определяющей. Хотя и до поставления Ионы московские князья активно вмешивались в церковные дела, но, поскольку назначение митрополита находилось в руках константинопольских патриархов, с этим приходилось считаться и светским, и церковным властям. С 1449 г. митрополит поставляется собором епископов, большинство которых происходили уже из территорий, подвластных Москве. В 1452 г. митрополит Иона направил письмо тверскому епископу Илие, чтобы он уговорил Бориса Александровича принять участие в походе против казанских татар73. Неизвестно, пытался ли епископ повлиять на князя, но тверской князь так и не откликнулся на призыв митрополита74. Епископ Илия скончался в 1456 г.75 На место Илии митрополитом Ионой был хиротонисан Моисей, бывший архимандрит тверского Отроч монастыря.