В 1458 г. под давлением папы римского Каллиста III в Литве была образована отдельная епархия, независимая от московских митрополитов. Возглавил ее сторонник Исидора Григорий (Болгарин). Митрополит Иона развернул активную борьбу по непризнанию Литовской митрополии[264]
. Был созван очередной церковный собор, на который тверской епископ Моисей не прибыл. В результате митрополит был вынужден отправить послание, где упрекал епископа за двукратный отказ приехать на приглашение Ионы и грозил наказанием, если Моисей не приедет и на третий призыв[265]. Как отреагировал тверской епископ, неизвестно, но спустя месяц после смерти великого князя Тверского Бориса Александровича в марте 1461 г. Моисея «свели съ владычества» и отправили в Отроч монастырь. Взамен ему был поставлен новый епископ — Геннадий Кожа, который происходил из боярского рода и был хиротонисан уже не в Твери, как бывало прежде, а в Москве. Возможно, приезд Геннадия в Москву был связан с болезнью митрополита Ионы, который спустя девять дней после назначения тверского епископа скончался. Но все же сам факт проведения церемонии рукоположения епископа Твери в Москве продемонстрировал все увеличивающуюся зависимость Тверского княжества от Московского и рост политического авторитета великих князей Московских[266].Между тем в Москве надеялись, что со временем можно будет восстановить канонические связи с Константинопольским патриархатом, но при непременном условии — отречении последнего от унии и возвращении в православие. Однако политика патриархов Константинопольских, направленная на то, чтобы постоянно вмешиваться в дела Русской церкви, а также зависимость Константинополя от мусульман-османов привели к закреплению ее автокефального статуса.
В 1449 г. на место умершего Иоанна Палеолога на престол взошел его брат Константин. Он не был таким сторонником унии, как Иоанн. В 1451 г. Константин изгоняет с поста патриарха униатски настроенного Григория Мамму. Винить русских за самовольное поставление митрополита Константинополь не стал. В 1452 г. великий князь Московский Василий Васильевич написал письмо в Константинополь с объяснением дела Исидора и Ионы. Вот что писал великий князь Василий II в послании к императору Константину XI о поставлении Ионы: «За великую нужду сие творихом, а не кичением, ни дерзостию. …Церковь наша русская святейшия митропольи Русскиа святыя Божия вселенския сборныя апостольския церкве премудрости Божия Святыя София цариградския благословения требует и ищет и во всем по древнему благочестию повинуется»[267]
. Письмо отправлено не было, так как Константинополь 29 мая 1453 г. после почти месячной осады был взят турками. В результате Константинопольский патриархат потерял независимость, а Византийская империя окончательно пала. Вскоре после указанных событий Мехмед II в политических и конфессиональных интересах турок-осман объявил веротерпимость по отношению к христианам и не препятствовал избранию нового патриарха, которым стал Геннадий Схоларий (ок. 1440–1472). На имя патриарха султан издал особый фирман (высочайшую грамоту) и берат (указ), которые определили положение православной церкви в Османской империи. На основании этих документов патриарх, епископы и священники получили своего рода статус дипломатической неприкосновенности: христианские храмы нельзя было превращать в мечети, запрещено насильственно обращать христиан в мусульманство и др.После этих трагических событий связи Руси, в том числе Руси Северо-Восточной, с Константинополем и Константинопольским патриархатом все же не прервались. Правда, носили они уже скорее эпизодический характер. Русь последней из славянских стран порвала свою церковную зависимость от Византии. А Константинополю со временем пришлось признать «незаконно» поставленного митрополита Иону.
Взяв на себя ответственность за бедствующую церковь, Геннадий Схоларий через послов обратился за помощью к единоверной Руси, отправив послом митрополита Игнатия. В 1454 г. Игнатий прибыл в Псков, а затем в Новгород. Он привез послание от патриарха, в котором Геннадий обращался за поддержкой к Русской церкви, прежде всего финансовой, а также просил московского князя прислать послов в Константинополь. Видя крайнюю нужду византийской церкви, великий князь Василий Васильевич и митрополит Иона отправили ответное посольство в Константинополь, а заодно рассчитывали на благосклонность патриарха Геннадия в связи с поставлением Ионы. Посольство имело успех. Константинопольский патриарх, учитывая невозможность для русских посещать Константинополь, в своей грамоте даровал Русской церкви право самой поставлять русских митрополитов, а также узаконил, чтобы русский митрополит почитался выше прочих митрополитов и занимал место после иерусалимского патриарха. В 1458 г. произошло окончательное разделение митрополии на Киевскую и Московскую: в Московском княжестве находился митрополит всея Руси Иона, а в Литве — назначенный константинопольским патриархом митрополит Киевский и всея Руси Григорий (булла папы Каллиста III).