Вторая война между венецианцами и генуэзцами (1293–1299) проходила одновременно в восточных и адриатических водах. Генуэзский флот прибыл из Перы, генуэзского квартала Константинополя. В 1294 г. он разгромил венецианский флот, разграбил Лимасол на Кипре и Лайю в Малой Армении. Двумя годами позже венецианцы атаковали Перу и две генуэзских колонии — Кафу и Фокею. Генуэзцы сожгли венецианский квартал и вырезали его население. После этого генуэзский флот вновь разгромил венецианцев в водах Курсолы у далматинского берега. В этом конфликте не было ни победителей, ни побежденных. Был заключен Миланский договор (25 мая 1299 г.), согласно которому Венеция дала обещание не осуществлять интервенций против Генуи ни на Тирренском, ни на Адриатическом море, что давало Генуе возможность свободно действовать на западе и сводить счеты с Пизой. На востоке Венеция была изолирована от Византии, располагавшейся на генуэзских берегах после венецианской атаки против Перы.
Третья война разразилась после событий в Крыму, где латины столкнулись с силами татарского хана Джанибека, изгнавшего их из Таны в 1343 г. и конфисковавшего все их имущество перед осадой хорошо укрепленной и героически сопротивлявшейся Кафы. Генуя и Венеция пытались каждая по отдельности вести переговоры с ханом, разрешившим венецианцам вернуться в Тану. Генуэзцы посчитали, что их предали. В 1350 г., после эпидемии чумы, опустошившей Европу, разразилась война за проливы. На этот раз Венеция имела союзника — Византию, где она попыталась восстановить государство, помогая императорам. Основным театром военных операций было Эгейское море, где генуэзцы взяли штурмом Хиос и Фокею, затем сожгли Негрепоне. Вскоре конфликт распространился на все Средиземноморье, поскольку венецианцы нашли союзника на западе — Каталонию, оспаривавшую у Генуи право владения Сардинией. Генуэзцы вступили в альянс с Венгрией, враждебно относившейся к Венеции и желавшей овладеть Далмацией. Морские операции разворачивались в Эгейском море, где венецианская эскадра во главе с Николо Пизани потопила себя в водах Негрепонте, чтобы не сдаться Раганино Дориа. Посредничество Висконти побудило воевавшие стороны подписать новый Миланский договор (1 июня 1355 г.).
Война на море велась с большим размахом, но она не привела к разрешению каких-либо противоречий.