Другая основная теория Пиренна относится к проблеме периодизации истории. Переломным моментом, вопреки общепринятым взглядам, Пиренн считает не IV–V век, когда рушится античное рабовладельческое общество под ударами революции рабов, колонов и других обездоленных групп рабовладельческого общества, а VIII–IX век, каролингскую монархию, когда прекращается торговля с Востоком под влиянием арабских завоеваний. В основе этого взгляда на античный и средневековой период истории лежит та же мысль о предопределяющей роли торговли. Раз торговля на Средиземном море поддерживалась, то античные города продолжали жить и все оставалось по-старому. Увлекаясь этой идеей, Пиренн не хочет считаться ни с социальной революцией рабов, ни с германскими вторжениями, ни с разложением Западной Римской империи, ни с образованием на ее территории варварских королевств, ни, наконец, с громадным разрушением германцами тех производительных сил, которыми располагало античное общество. Пиренн также игнорирует упадок античной культуры, как показатель конца прежней исторической эпохи. Периодизация Пиренна смазывает революцию рабов, отделяющую античное общество от феодального, отмену рабовладельческой эксплоатации трудящихся и начало истоков новой общественной жизни, роль свободного крестьянства и его земельных общин при переходе от античности к средневековью.
За освобождение, по-новому, иначе, чем Ог. Тьерри, трактует эту тему; не принадлежность к галло-римскому населению, а нарастание ассоциативных связей в городах толкает горожан на борьбу с духовными и светскими сеньорами. Люшер свои наблюдения над городскими коммунами переносит на деревенские коммуны, отмечая одновременные выступления тех и других.
Во втором томе своей обширной работы „Происхождение древней Франции" Флаш также уделил большое внимание истории французских городов. Отметив, где города возникали (около замков, около монастырей, через трансформацию деревни, через основание поселения на новом месте), Флаш говорит о разобщенности отдельных элементов города: их интересы были различны (divergents); точки соприкосновения редки; в них скорее нарастало разделение, чем цементирование. И вместе с тем он же подчеркивает, как в дальнейшем у отдельных групп налаживается корпоративная связь и у патрициата и у плебса. Ее корни многообразны: соседство, приходская связь, общность опасности, римская традиция и германские обычаи — все это могло питать корпоративную связь и порождать гильдию, братство, взаимопомощь. Каждая городская ассоциация может стать центром притяжения для других. Иногда в городе образуется два центра: один объединяет низы общества, другой — патрициат. Средневековая история знает много случаев, когда корпоративные связи перерастали в коммунальные, закреплялись в грамоте, которую получал город от сеньора. Естественная эволюция сеньориального строя, политические события XI–XII века, этнические особенности — все это оказывало сильное влияние на переход от корпоративной связи к коммунальной.
Теория Флаша была в общем сложнее теории Люшера, она подмечала различие между корпоративными и коммунальными связями в городах; периоду нарастания этих связей она противопоставляет другой, более ранний период распада связей. Но ни Люшер, ни Флаш не ставили вопроса об экономических причинах зарождения городов, хотя они и не питали того исключительного интереса к истории городских учреждений, как это было заметно в немецкой историографии конца XIX и начала XX века.
Таков был момент в историографии средневекового города, когда Пиренн опубликовал свою первую работу о городах в Revue historique за 1893 и 1895 гг. под заглавием „Происхождение городских учреждений". Он вносил нечто новое своим интересом к экономическим причинам происхождения городов. Города возникали там, где для этого были подходящие условия для торговли, где садилось новое население, торговое рядом с земледельческим. Эти поселения получают и особое право, городское, завязь которого надо искать в купеческих гильдиях. Jus mercatorum отвечало своеобразному купеческому быту и отличалось от права вотчины с ее более простым сельскохозяйственным укладом жизни. Jus mercatorum с обособленной группы людей, т. е. купцов, распространяется в городе на всю территорию. Это значит, что в городе должны отмереть старые баналитеты, чинши, личная несвобода. Таким образом Пиренн пошел несколько по другому пути, чем Люшер и Флаш в объяснении зарождения городов.