Основные отличия японской модели общества и государства от классической конфуцианской многое объясняют в судьбах Японии. Но стоит заметить, что явственный уклон в сторону частнособственнического интереса и феодальной структуры не привел Японию в состояние раздробленности, что было бы естественным для иного общества в аналогичной ситуации. Вышло так, что центробежные тенденции в средневековой Японии уравновешивались сильными центростремительными, вследствие чего создавался некий устойчивый и весьма специфический баланс власти. Особенно заметно это стало к концу XII века, когда усилившийся дом Минамото нарушил прежнюю гегемонию Фудзивара.
В XII веке власть дома Фудзивара постепенно ослабевала, чему в известной мере способствовало противостояние регентов при императорах и экс-императоров, пребывающих в монастырях. На фоне этого ослабления все более заметным становилось соперничество двух других аристократических домов — Тайра и Минамото. Минамото, владевшие на северо-востоке страны наиболее крупным и хорошо организованным войском самураев, каждый из которых имел пожалованный ему господином надел с хорошим доходом и потому был готов сражаться за господина до смерти, в конечном счете одержали победу. В 1192 году Минамото Ёритомо был объявлен верховным военным правителем страны с титулом сёгун. Ставкой сёгуна и правительства (бакуфу) стал город Камакура.
Подавив сопротивление недовольных, сторонники Минамото конфисковали земли соперников и отдали их в качестве ленных владений своим самураям. Это заметно сказалось на изменении аграрной структуры страны: подавляющей формой земельного владения стало мелкое, самурайское, хотя продолжали существовать и крупные владения знатных домов, прежде всего самих Минамото, императора и его родни, а также некоторых всесильных вассалов Минамото. Влиятельнейшим из таких вассалов был Ходзё, потомки которого постепенно сосредоточили в своих руках всю фактическую власть и удерживали ее на протяжении почти столетия, до первой трети XIV века. В частности, именно Ходзё организовали сопротивление монгольским армиям Хубилая.
С XIII и особенно в XIV веке начинается эпоха расцвета японских городов, а также ремесел и торговли. Этому способствовало несколько факторов. Во-первых, увеличение числа ставок крупных аристократов, при дворах которых жило множество самураев, всякого рода челяди, ремесленников и пр. Во-вторых, увеличение количества буддийских сект и соответственно числа монастырей, неподалеку от которых часто селились люди, обслуживавшие монастырь и паломников, — включая многочисленных торговцев и опять-таки ремесленников. В-третьих, развивались и превращались в большие города порты, становившиеся центрами ремесел, торговли и культуры.
На первых порах расцвету портовых городов содействовали японские пираты, возникшие как заметная самостоятельная сила именно в XI–XII веках. Позже, однако, главную роль в их процветании стала играть регулярная торговля с Китаем, Кореей и странами Юго-Восточной Азии.
В городах возникли профессиональные корпорации ремесленников и торговцев (дза), и некоторые из этих корпораций, правда, очень немногие, имели даже определенную автономию и самоуправление. Но самым главным результатом появления городов (в XIV веке их было 40, в XV — 85, а в XVI — уже 269) был заметный рост товарно-денежных отношений, что сыграло немаловажную роль в последующей эволюции японского общества.
Речь идет в первую очередь о самураях. Сословие это с его высокими запросами, но с низким в целом уровнем дохода уже в XIII–XIV веках оказалось в состоянии кризиса. Чтобы поддерживать достойный уровень существования, самурай нередко залезал в долги, а то и вынужден был продать свой лен. Это вело к разорению его и его потомков, что было весьма невыгодно как для его патрона, так и для государства (не следует забывать, что большинство самураев состояло на службе сёгуна, то есть государства). Поэтому следовали один за другим указы, предписывавшие выкупать, а то и просто возвращать самураям их земли, но жизнь брала свое, и самураи продолжали разоряться. Нужны были иные меры, и самураев начали переводить на положение дружинников, служащих господину или государству и получающих за это жилье, снаряжение и натуральный паек. Соответственно этому в очередной раз стали меняться аграрные отношения: все большее количество земли концентрировалось в руках крупных князей-даймё, которые также стали контролировать значительную часть японских городов с их ремеслом и торговлей. Возвышение князей сыграло свою роль в падении сёгунов из дома Минамото и фактических правителей из дома Ходзё. В результате длительных усобиц верх взял бывший вассал Ходзё Асикага, который в 1335 году провозгласил себя сёгуном. Его потомки управляли Японией до 1573 года.