Сёгунат Асикага сложно назвать периодом мира и процветания. Напротив, с начала XV века против Асикага восставали то один, то другой влиятельный дом, а в 1467–1477 годах в стране разгорелась настоящая война, в ходе которой ключевые позиции в Японии захватили несколько домов (всего таких домов до начала войны насчитывалось 260; многие из них в ходе усобиц погибли). К началу XVI века власть сёгунов стала номинальной, а Япония практически распалась на несколько частей и погрузилась в разруху, что привело к резкому росту крестьянских восстаний, причем к крестьянам теперь нередко примыкали разорившиеся самураи (их низшая прослойка — кокудзин), странствующие самураи-ронины (не имевшие господина), а порой и городская беднота.
В середине XVI века в Японии из среды самураев выдвинулось несколько честолюбивых лидеров. Один из них, Ода Нобунага, сумел одного за другим одолеть нескольких дай-мё и в 1573 году сверг последнего сёгуна из дома Асикага. Одним из наиболее непримиримых противников Нобунаги оказались буддийские монастыри, что сыграло немалую роль в определении его благожелательного курса в отношении христианства.
Первые христиане появились в Японии в 40-х годах XVI века вместе с португальскими купцами. Затем в Японию прибыли миссионеры-иезуиты, в том числе знаменитый Франциск Ксавье. Их усилиями христианская религия стала распространяться довольно быстрыми темпами: уже в 1580 году в стране было около 150 тысяч христиан, 200 церквей и 5 семинарий; к началу XVII века христиан было около 700 тысяч. Этому способствовала, в частности, и политика южных даймё, заинтересованных в португальской торговле и, главное, в обладании огнестрельным оружием, доставка, а затем и производство которого в Японии были налажены именно португальцами-католиками.
В 80-х годах XVI века Нобунага овладел половиной провинций страны, включая столицу Киото, и провел реформы, направленные на ликвидацию политической и экономической раздробленности (в частности, в 1568 году был лишен своей автономии торговый город Сакаи), на развитие городов и торговли. Но в 1582 году против него поднял мятеж военачальник Акэти Мицухидэ, и Нобунага, осажденный в буддийском монастыре, совершил харакири. После этого власть досталась его помощнику Тоётоми Хидэёси, выходцу из крестьян. Хидэёси сумел завершить дело объединения страны и даже лелеял мечту расширить свои владения за счет территорий на континенте. Но неудачная экспедиции в Корею похоронила эти мечты.
Реформы Нобунаги и Хидэёси оказались весьма эффективны. Была усилена централизованная власть, укреплен контроль за городами и торговлей, закреплены земли за крестьянами, способными исправно платить налоги в казну государства. В отличие от своего предшественника Хидэёси выступил против чрезмерно усилившихся иезуитов и вообще христиан. В 1587 году он издал было указ об изгнании иностранных миссионеров, португальцев и испанцев, и организовал преследование японцев-христиан, включая уничтожение церквей и типографий, издававших церковную литературу. Преследуемые укрывались под защитой принявших христианство мятежных южных даймё, которые были разгромлены уже после смерти Тоетоми Хидэёси в 1598 году, когда власть перешла к одному из его сподвижников Токугава Изясу. В 1603 году Изясу провозгласил себя сёгуном. Началась длительная эпоха нового, третьего по счету после Минамото и Асикага сёгуната, продолжавшегося вплоть до 1867 года.
В классической формуле «начал, продолжил, завершил», обычно относимой к оценке деятельности всех трех выдающихся объединителей страны в XVI веке, на долю Токугава Изясу приходится заключительная фаза. Объединив страну под властью дома Токугава сёгун, приступил к новой серии реформ. Даймё, которых к тому времени насчитывалось около двухсот, не только должны были признать авторитет сёгуна, но и в знак этого признания каждый второй год вместе с семьей, челядью и даже частью дружины проводить в специально построенной для этого дворцовой усадьбе в Киото.
При этом за ними сохранились некоторые традиционные права, включая суд и административную власть в пределах собственных владений, а также право иметь у себя на службе самураев, которые находились в основном на натуральном довольствии.
Своего рода заложничество даймё сыграло важную роль в укреплении власти центра. Кроме того, дом Токугава позаботился о том, чтобы враждебные ему даймё (а таковыми считались все, кто не был родней или вассалами сёгуна), именовавшиеся тодзама, не проживали компактно, а были территориально оторваны друг от друга. Ремесло и торговля в тех городах, где прежде осуществляли свою юрисдикцию даймё, были переданы в подчинение сёгуну вместе с самими городами. Все это значительно подорвало могущество князей и укрепило власть сёгунов.