В результате перестройки здания культы огня и воды, столь характерные для зороастризма, начали играть большую роль, не предусмотренную первоначальной композицией плана. Это не изолированный факт: к V в. относятся наиболее ранние оссуарные погребения Пенджикента. В более раннее время, в первые века н. э., в Согде известны трупоположения в курганах и грунтовых могильниках (Суджина, Зосун). Для того же периода надо упомянуть и обычай выкладывания трупов в пещере в сопровождении инвентаря (пещера Гори-Гург близ Пенджикента). Как известно, оссуарный обряд не был обязательным для зороастрийцев и практиковался не только зороастрийцами. Но в Хорезме и в Согде этот обряд определенно связан с зороастрийской средой (
К концу V в. относится сооружение дополнительных капелл с севера от главных зданий обоих храмов. В северной капелле второго храма местами сохранилась настенная живопись на боковых стенах, в том числе изображение богини с предстоящими. Это не основное божество, культу которого была посвящена капелла. Богиня с систром и знаменем в поднятых разведенных руках сидит на троне с опорами в виде протом крылатых псов (?) (
Если V век в Согде был временем неуклонного подъема, то к началу VI в. в Пенджикенте относятся разрушения, связанные, возможно, с эфталитским завоеванием. В первой половине VI в. храмы были перестроены, причем было заложено сырцом помещение для вечного огня. Таким образом, пенджикентский первый храм недолгое время сочетавший особенности двух типов иранских культовых сооружений досасанидского времени, т. е. храмов богов и храмов огня (
В VI в. после нескольких перестроек окончательно сложился план пенджикентских храмов, который с VII в. уже почти не менялся. Главное здание второго храма в результате осталось изолированной постройкой среди двора, тогда как фасад главного здания первого храма протянулся на всю ширину двора. Сами главные здания обоих храмов очень похожи друг на друга. Портики и залы храмов, несколько капелл получили богатое скульптурное и живописное убранство. Архитектура предоставила живописи и скульптуре возможность развернуть перед посетителями храмов множество композиций, среди которых были сцены поклонения божеству, процессии, культовые театрализованные представления, пиры и иллюстрации к мифологическим повествованиям. Это изобилие изображений, не свойственное зороастризму Ирана, здесь, в Согде, должно быть, помогало местной религии успешно конкурировать с манихейством и буддизмом, которые использовали религиозное искусство в своей пропаганде.
В V–VI вв. в ходе борьбы сложилась согдийская культовая иконография, в которую с VI в. за короткий срок вошло много новых для Согда иноземных элементов. Это стало возможным потому, что ранее у согдийцев вообще не было сколько-нибудь развитого представления о зримом облике богов. В дальнейшем, в VII–VIII вв., наступает определенная стабилизация и нет новых значительных заимствований.