Для управления ракетой применялась полуавтоматическая система наведения по лучу лазера, имеющая высокую помехозащищенность; ее малый объем позволил размещение в боевом отделении машины. К недостаткам системы следует отнести то, что она не обеспечивала применение ракет во время движения танка.
Задача повышения точности огня, в том числе и обычными снарядами, решалась установкой системы управления огнем «Волна». В ее состав входили лазерный дальномер КДТ-2, баллистический вычислитель БВ-55, прицел ТШСМ-32ПВ, стабилизатор вооружения «Циклон» М1.
Диапазон измерения дальностей лазерного дальномера КДТ-2 составлял 500 — 4000 м при точности измерения 10 м. Автоматическая выработка углов прицеливания и бокового упреждения при стрельбе всеми типами снарядов обеспечивалась баллистическим вычислителем БВ-55. Прицел ТШСМ-32ПВ имел независимую стабилизацию поля зрения в вертикальной плоскости, которая работала и при блокировке пушки. Стабилизатор пушки «Циклон» М1 обладал улучшенными эксплуатационными характеристиками, благодаря использованию более прогрессивной элементной базы.
Кроме этого, ствол пушки укрыли теплозащитным кожухом, устранившим в большой степени неравномерный нагрев ствола. Это позволило значительно уменьшить разброс углов вылета снаряда; в результате улучшились кучность и точность стрельбы.
Защищенность танка повысили за счет установки элементов дополнительного бронирования корпуса и башни. К верхнему лобовому листу корпуса приварили металлополимерный модуль: коробчатую конструкцию из броневых листов толщиной 30 мм, внутри которой размещались 5-мм стальные листы с 30-мм промежутками, заполненными пенистым полиуретаном. Удалось обеспечить «прирост защиты» от бронебойных подкалиберных снарядов на 120 мм, от калиберных — на 200 — 250 мм.
Дополнительная защита лобовой части башни состояла из двух блоков, расположенных справа и слева от амбразуры пушки (блоки за характерный внешний вид получили в войсках прозвище «хомуты», или «брови Ильича»), Конструктивно это были литые броневые детали, с внутренней стороны которых приваривалась коробка с 5-мм стальными листами и пенополиуретановым наполнителем.
Борта танка прикрыли противокумулятивными резинотканевыми секционными экранами. Однако ширина танка теперь стала превышать установленные при перевозках по железной дороге предельные габариты — в таких случаях экраны приходилось просто снимать.
Опыт боевых действий в Афганистане, где широкие масштабы получила так называемая «фугасная война», заставил усилить защиту танка и его экипажа от подрыва на минах. Для этого днище танка дополнительно бронировали — в районе расположения сиденья механика-водителя приварили защитный модуль: каркас из стального швеллера толщиной 80 мм, закрытый снизу шестью броневыми листами толщиной 20 мм. Кроме того, между днищем и крышей корпуса справа за сиденьем водителя установили силовой пиллерс — распорку, препятствующую прогибу днища при взрыве мины. На аварийном люке в днище смонтировали 20-мм броневую крышку.
Защищенность танка повысили и за счет использования системы запуска дымовых гранат 902Б, обеспечивавшей постановку дымовой завесы длительностью 1 — 2 мин на дальности 200 — 350 м от машины; при залповом пуске четырех гранат ширина ее фронта составляла 100 — 120 м, а средняя высота — 8 м. В состав системы входили восемь пусковых установок на правом борту башни, дымовые гранаты ЗД6 калибра 81 мм и пульт управления, расположенный у наводчика.
В целях усиления радиационной безопасности члены экипажа получили индивидуальные противорадиационные жилеты, а рабочие места танкистов дополнили локальной защитой от проникающей радиации.
Для защиты от зажигательного оружия — типа напалма — танк оборудовали системой «Сода»: поставили сетки с мелкой ячейкой на крыше трансмиссии, упрятали наружную электропроводку в стальные трубки, соединительные шланги внешних топливных баков проложили асбестовой тканью в металлическом каркасе.
В результате всех этих мер боевая масса Т-55М возросла до 40,9 т, а Т-55АМ — даже до 41,5 т. Поэтому для сохранения подвижности на танк пришлось поставить более мощные двигатели — В55У (620 л.с.), а позже и В-46-5М (690 л.с.).
Двигатель В-55У с инерционным наддувом отличался от В-55В конструкцией впускных коллекторов, в которых была установлена перегородка, разделяющая всасываемый воздух на два потока: один поступал в первые три цилиндра двигателя, другой — в остальные три цилиндра. Кроме того, повысили давление впрыска топлива за счет регулировки топливной помпы и модифицировали воздушный фильтр. В итоге мощность двигателя возросла на 40 л.с.