На территории Литовской ССP гитлеровцы истребили в огромном количестве не только местное население, но и согнанных сюда жителей Орловской, Смоленской, Витебской и Ленинградской областей. Через лагерь для эвакуированного населения близ города Алитус с лета 1943 года по июнь 1944 года прошло более 200 тысяч человек. Заключенные использовались на тяжелых физических работах, их морили голодом: в день давали 150–200 граммов хлеба с опилками и пол-литра супа-баланды из испорченной чечевицы или гороха. Наиболее здоровых и молодых насильно отправляли на работу в Германию.
Тяжелые антисанитарные условия, невероятная скученность, голод и болезни, а также массовые расстрелы привели к тому, что за 14 месяцев в этом лагере погибло до 60 тысяч мирных советских людей.
От зверств фашистских извергов стонала вся литовская земля.
В урочище Лысая Гора они расстреляли 10 тысяч человек, в местечке Эйшишкес — 800 человек, в городе Перенай замучили и убили свыше 3 тысяч граждан, в предместье города Каунаса Вильямполь сожгли около 8 тысяч советских граждан. В деревне Перчюпе Тракайского уезда гитлеровцы, загнав всех мужчин в один дом, а женщин и детей — в три других, подожгли их. Пытавшихся вырваться и бежать ловили и снова бросали в горевшие дома. Так погибло в огне 119 человек. В районе города Мариямполь уничтожено 7700 человек, в местечке Сейрияй Алитусского уезда расстреляно 1900 человек, в Тильвишкяй — свыше тысячи жителей, в Шяуляйском уезде уничтожено 3830 человек, в городах Тракай, Паневежис, Укмерге, Кедайняй и Биржай фашисты истребили 37 640 человек мирного населения.
Для семей военнослужащих Советской Армии на территории Литовской ССР фашисты создали специальные концентрационные лагеря. В этих лагерях был вывешен приказ: «За высказывание недовольства германскими властями и нарушение лагерного режима советских граждан без суда расстреливать, подвергать тюремному заключению, отправлять на вечную каторгу в Германию».
Начальница лагерей Зеелинг цинично заявляла заключенным: «Вы мои рабы, я буду вас наказывать, как хочу».
И жестоко пытала, избивала и расстреливала заключенных.
Зеелинг на допросе показала, что сотрудник гестапо шеф лагерей Яцке и оберштурмфюрер Мюллер дали на инструктивном совещании указание: «За женщинами, находящимися в лагерях, строго следить, так как они являются женами советских командиров. Если кто будет отказываться от работы, немедленно отправлять их в лагеря для расстрела без следствия. Из лагерей никого не выпускать. Установить строгую дисциплину. Жестоко пресекать всякую малейшую попытку к неповиновению или враждебные действия».
Комиссия признала, что истребление советских военнопленных в лагерях носило преднамеренный, систематический и массовый характер. Использовались для этого голодный режим, изнурительный, непосильный труд, истязания, расстрелы.
Житель Каунаса учитель Дмитрий Интересов рассказал: «Проживая близ форта № 6, я имел возможность несколько раз разговаривать с русскими военнопленными. Они рассказали, что живут в сырых и мрачных подземельях крепости, но так как и этих помещений далеко не достаточно, то многие валяются прямо в крепостной канаве под открытым небом. Пища состоит из сырой свеклы, картофельной шелухи и других овощных отбросов, а о хлебе, соли и других продуктах и думать не приходится». В лагере форта № 6 был лазарет, который в действительности служил как бы пересыльным пунктом из лагеря в могилу. Из месячных немецких сводок заболеваемости военнопленных в форте № 6 видно, что только с сентября 1941 года по июль 1942 года, то есть за 11 месяцев, в лазарете умерло 13 936 советских военнопленных.
Свидетельница Розалия Мидешевская подтверждает: «Военнопленные ужасно голодали. Я видела, как они рвали траву и ели ее».
По показаниям свидетелей, в другом лагере для военнопленных, что располагался на западной окраине Каунасского аэродрома, истощенных, неспособных двигаться людей выносили за территорию лагеря, живыми складывали в заранее вырытые ямы и засыпали землей. Раскопки этих ям показали, что там зарыто около 10 тысяч советских военнопленных. Многие из них были заживо закопаны в могилы и погибли от удушья.
О лагере № 133 близ города Алитуса его жители рассказали, что при выгрузке военнопленных из вагонов фашисты расстреливали па месте всех неспособных дальше двигаться. Военнопленные были размещены в конюшнях, где они зачастую замерзали, так как у них было отобрано все обмундирование. Гитлеровцы открывали по пленным стрельбу из пулеметов и автоматов. В лагере № 133 погибло от расстрелов, голода, холода и сыпного тифа не менее 35 тысяч человек.
Осенью 1941 года оккупанты организовали еще один лагерь для советских военнопленных на территории бывшего военного городка в городе Науион Вильня. В нем размещалось не менее 20 тысяч человек. Свидетель А. А. Туманов видел истязания, которым гитлеровцы подвергали заключенных в этом лагере: «Пленных пытали до потери сознания, подвешивая их на цепях за ноги, затем снимали, обливали водой и снова повторяли то же самое».