Пока Юг праздновал победу, надеясь и впредь изматывать противника в оборонительных боях, Север готовился к серьезному реваншу. К началу 1862 г. он уже сумел поставить под ружье до 600 тыс. солдат, но южане сохраняли преимущество вплоть до лета 1863 г. Во многом неудачи северян объяснялись бездарным командованием генерала Дж. Мак-Клеллана (1826–1885), не слишком стремившегося одержать победу над южанами, которым он сочувствовал. Лишь после тяжелого поражения армии Севера на Йоркском полуострове (2 июля 1862 г.) Мак-Клеллан был смещен и заменен генералом Халлеком. Однако и после этого южане генерала Роберта Ли (1807–1870) продолжали выигрывать сражение за сражением.
В первый день 1863 г. правительство США предприняло сильный шаг, введя в силу закон об освобождении без наделения землей рабов, принадлежавших мятежным конфедератам. В результате армия Севера пополнилась примерно 190 тыс. бывших рабов с оккупированных правительственными войсками территорий Конфедерации, а в тылу южан начали вспыхивать негритянские восстания. Летом в войне произошел крутой перелом. 1–3 июля в крупнейшем за все время Гражданской войны сражении при Геттисберге (штат Пенсильвания) южане потерпели поражение, от которого им так и не удалось оправиться. Одновременно войска Севера добились успехов и в районе реки Миссисипи, овладев городами Виксберг и Порт-Гудзон. Территория Юга оказалась расколотой на две изолированные части. Драматическое положение конфедератов усугублялось тем, что возросший пятнадцатикратно за три года войны флот северян (к началу 1864 г. в его состав входил 671 корабль) полностью блокировал побережье, исключив доставку на Юг боеприпасов и продовольствия из Европы в обмен на хлопок.
Только в 1863 г. южане начали производить собственное военное снаряжение. На полях, где прежде выращивали хлопок, стали возделывать продовольственные культуры для нужд армии, но ввиду слабого развития транспорта выращенный урожай не представлялось возможным доставить по назначению. Воюющая армия терпела жестокие лишения. Солдат-южанин получал в месяц 11 долларов, в то время как сапоги стоили 200.
Значительную часть армии южан составляли мелкие фермеры. Их хозяйства остались без сильных мужских рук, семьи голодали, и под давлением домочадцев главы многих таких семей дезертировали. Уже в 1862 г. на юге началось антивоенное движение, участниками которого были представители именно этого слоя мелких землевладельцев, которые не желали сражаться за интересы крупных рабовладельцев-плантаторов.
Внутренний раскол, крушение надежд на быструю победу, разочарование в силе «короля-хлопка», который в условиях блокады конфедератских портов военно-морскими силами Севера не мог быть вывезен в Европу и, следовательно, перестал приносить доходы, – все это вместе способствовало подрыву боевого духа южан, которые, однако, продолжали упрямо сражаться.
В 1864 г. главнокомандующий войсками Севера генерал Улисс С. Грант (1822–1885), впоследствии восемнадцатый президент США, перешел в окончательное наступление на Ричмонд, столицу Конфедерации. Наступление велось одновременно с севера, востока и юга, куда, совершив рейд к морю, вышла армия генерала Уильяма Шермана (1820–1891), замкнув южан в блокадное кольцо вокруг Ричмонда. Героические попытки Ли предпринять контратаку на Вашингтон лишь ускорили поражение Юга. 3 апреля 1865 г. войска Гранта заняли Ричмонд, через шесть дней генерал Ли подписал капитуляцию. Последние очаги сопротивления конфедератов были ликвидированы к началу июня.
Генерал Ли, проиграв войну, сохранил уважение к себе как среди южан, так и среди северян. Значительно меньше повезло бывшему президенту Конфедерации Дэвису, за голову которого как человека, развязавшего братоубийственную войну, была назначена награда в 100 тыс. долларов. Переодетого в женское платье, его арестовали только 22 мая 1865 г. в окрестностях Ирвинвилля (штат Джорджия).
14 декабря 1865 г. президент Джонсон предложил амнистировать всех южан, которые присягнут на верность федерации, в том числе и лидеров Конфедерации, а также снять морскую блокаду южных портов. Однако северяне не всегда проявляли снисходительность к поверженным врагам. Некоторые из них окончили свои дни на виселице. Счет наказанных смертной казнью открыл капитан Генри Уирц, комендант тюрьмы в Андерсонвилле, отличавшийся жестокостью по отношению к содержавшимся в ней военнопленным.