Обстановка в городе стала накаляться сразу после объявления по телевидению вечером 31 мая о повышении цен со следующего дня. Инициаторами волнений стали рабочие сталелитейного цеха Новочеркасского электровозостроительного завода, которым накануне объявили также об очередном снижении расценок на производимую продукцию. Возмущенные одновременным снижением зарплаты (в среднем на 30 %) и повышением цен, десятеро рабочих утренней смены, не приступая к работе, вышли из цеха в заводской сквер, продолжая обсуждать и возмущаться услышанной накануне неприятной новостью. К рабочим вышли директор и секретарь парткома завода. Не сумев выбрать нужный тон, разговор с рабочими они повели высокомерно, по-барски. Увидев подходившую женщину с пирожками в руках, директор Б.Н. Курочкин решил поостроумничать и произнес: «Не хватает денег на мясо и колбасу, ешьте пирожки с ливером». Оскорбившая рабочих фраза стала искрой, повлекшей трагедию в Новочеркасске. Одни из них отправились к компрессорной завода и включили заводской гудок. Другие пошли по цехам с призывами прекращать работу и объявить забастовку. Протестные выступления (митинги, демонстрации) ширились, несмотря на призывы к их прекращению со стороны местного начальства (1-й секретарь Ростовского обкома А.В. Басов) и прибывших из Москвы Ф.Р. Козлова, А.П. Кириленко, А.И. Микояна, Д.С. Полянского, А.Н. Шелепина. Беспорядки пришлось подавлять вооруженной силой (генерал И.Ф. Олешко с группой автоматчиков). В результате погибли 23 демонстранта, 70 ранены. Жизнь города начала входить в нормальную колею 4 июня. 105 участников протестных акций позднее были осуждены, семеро из них (Б.Н. Мокроусов и др.) — к высшей мере наказания.
Повышение розничных цен на продовольственные товары сопровождалось волнениями и в других городах — Муроме, Александрове, Бийске, Кривом Роге, Сумгаите. Однако уровень жизни горожан, падение которого являлось действительной причиной необузданных проявлений протеста, от этого не поднимался.
Возникшие экономические и социальные проблемы заставили Хрущева начать поиски новых возможностей совершенствования хозяйственного руководства, в частности, повести борьбу с «теневиками», занимавшимися подпольной экономической деятельностью. О масштабах перехода представителей партийной и государственной элиты в «тень», начавшего набирать силу в условиях хрущевской «оттепели» и ставшего в конце концов одной из главных причин краха советской системы, позволяют судить цифры, обнародованные на Ноябрьском (1962) пленуме ЦК: в начале 1960-х гг. к суду по обвинению в коррупции и злоупотреблениях властью было привлечено около 12 тыс. руководящих работников, в том числе 4 тыс. партийных функционеров.