События были ускорены хрущевскими затеями новых реорганизаций. В июле 1964 г. он предложил создать около дюжины специализированных главков (отдельно по зерну, сахарной свекле, хлопку и т. д.), перевести сельскохозяйственные научные учреждения из Москвы и Ленинграда в провинцию. Подъем сельского хозяйства и ускорение роста производства средств потребления Хрущев предполагал осуществить также за счет сокращения «прорвы вооружения». Не находили понимания его предложения о введении восьми- или десятилетних народно-хозяйственных планов и о новой реорганизации управления, которая практически ликвидировала бы районные комитеты партии. По свидетельству члена Президиума ЦК К.Т. Мазурова, критической точкой стала записка, которую Хрущев «разослал без нашего ведома, с предложением о ликвидации райкомов партии. Дескать райкомы партии не нужны, нужны управления по сельскому хозяйству в селах, а в управлениях заместителем начальника может быть кто-то, кто станет заниматься партийной работой. Ну, это был бред… Тут мы пришли к выводу, что его надо освобождать».
Однако неотвратимым смещение Н.С. Хрущева с руководящих постов делали его открыто высказанное в середине 1964 г. мнение о том, что в Президиуме ЦК КПСС собрались старики, необходимо уже в ближайшее время расширить его персональный состав с тем, чтобы подготовить для дальнейшей самостоятельной и ответственной работы молодые кадры, стариков же постепенно удалить из его состава. В сентябре 1964 г. перед отправкой в отпуск Хрущев дал указание о подготовке очередного пленума ЦК в ноябре, не скрывая, что на нем будут производиться кадровые перестановки: «Вот соберем пленум, там поставим каждого на свое место, укажем, как кому и где надо работать». К этому времени многие члены пленума ЦК поддерживали идею об отставке Хрущева и занимались подготовкой обличающих его материалов (
Во время отпуска Хрущева, в октябре 1964 г., коллеги по Президиуму ЦК завершили приготовления к его отставке с руководящих постов. Активными участниками антихрущевского заговора были Н.В. Подгорный (в 1957–1963 гг. — первый секретарь ЦК КП Украины, в 1963–1965 гг. — секретарь ЦК КПСС), Н.Г. Игнатов (в 1962–1966 гг. — председатель Президиума Верховного Совета РСФСР); Д.С. Полянский (в 1958–1962 гг. — председатель Совмина РСФСР, в 1962–1965 гг. — заместитель председателя СМ СССР), А.Н. Шелепин (в 1958–1961 гг. — председатель КГБ при СМ СССР, в 1962–1965 гг. — председатель Комитета партийно-государственного контроля при ЦК КПСС и СМ СССР), В.Е. Семичастный (в 1961–1967 гг. — председатель КГБ). В центре заговора оказался Л.И. Брежнев (с июня 1963 г. — секретарь ЦК, отвечавший за работу с кадрами).
В одном из проектов доклада, подготовленного Полянским от имени Президиума ЦК КПСС на предстоящем пленуме ЦК, Хрущеву предъявлялись обвинения в провале всех планов экономического развития страны, падении более чем в два раза темпов прироста общественного продукта за последние 8 лет. Утверждалось, что по его вине авантюристичной оказалась и сама Программа КПСС, осуждались его зазнайство, грубость, некомпетентность. Предлагалось устранить разделение партии по производственному принципу и запретить совмещение должностей первого секретаря ЦК и Предсовмина.