Внутри страны главными врагами стали «космополиты», под которыми в подавляющем большинстве случаев понимались лица еврейской национальности или даже просто еврейского происхождения. Еще до войны шел довольно интенсивный процесс вытеснения из номенклатуры евреев и других нетитульных народов – немцев, финнов, поляков, латышей и прочих, чьи государства находились за пределами СССР. Но тогда евреи еще не были на первом месте в качестве объекта репрессий – приоритет отдавался полякам, немцам, финнам и прочим иностранцам. Тем не менее и для того времени цифры достаточно выразительны. Так, если в 1934 году 31,25 процента высокопоставленных чекистов составляли евреи, а 4,17 процента – поляки, то к 1941 году поляков среди них не осталось, а доля евреев упала до 5,5 процента. После войны процесс вытеснения евреев из номенклатуры резко ускорился. Их доля на номенклатурных должностях к концу правления Сталина примерно соответствовала их доле в населении страны, причем они уже нигде не играли первых ролей. Между тем, еще в 1945 году в идеологической сфере и на административных должностях эта доля была в несколько раз выше, что было наследием послереволюционного времени, когда образованная еврейская молодежь заменила частью уничтоженное и вытесненное в эмиграцию, частью отказавшееся сотрудничать с Советской властью чиновничество и управленческий персонал на предприятиях и в учреждениях.
К началу 1950-х годов на высших руководящих постах из евреев остались только Лазарь Каганович и Лев Мехлис. В этнокультурном плане Сталин следовал курсом на ассимиляцию евреев и ликвидацию еврейской культуры на идише (культура на иврите была загнана в подполье еще в начале 30-х годов). Был разогнан Еврейский антифашистский комитет, созданный в пропагандистских целях в годы войны, но превратившийся в своего рода неформального лидера еврейской общины в СССР. Руководители ЕАК были обвинены в буржуазном национализме и шпионаже в пользу США. 12 августа 1952 года в подвале Лубянки были расстреляны 13 членов Еврейского Антифашистского Комитета, в том числе бывший глава Совинформбюро Соломон Лозовский, поэты Исаак Фефер, Лейба Квитко, Перец Маркиш, Давид Бергельсон, Давид Гофштейн, режиссер Вениамин Зускин, редакторы и переводчики Совинформбюро и ЕАК Илья Ватенберг, Эмилия Теумин, Чайка Ватенберг-Островская, Леон Тальми, историк Иосиф Юзефович, главврач Боткинской больницы Иосиф Шимиелович. К смертной казни их приговорили 18 июля за «объединение еврейских националистов на борьбу против национальной политики партии и Советского государства» и «шпионаж в пользу США». 13 января 1948 года великий режиссер и актер, глава ЕАК Соломон Михоэлс был убит в Минске сотрудниками МГБ. Убийство было инсценировано как несчастный случай – наезд грузовика, но тотчас распространились слухи, что Михоэлса убили. Чтобы перевести стрелки, МГБ само запустило слух, что режиссера убили «польские фашисты» (эта версия звучала и на процессе 1952 года).
Евреи стали также главным объектом репрессий и идеологических проработочных кампаний в послевоенном Советском Союзе. Они были очень удобны на роль главного внутреннего врага, в этом качестве фигурировали в обывательском сознании еще в дореволюционное время. К тому же евреи были единственным из советских народов, представители которого имели большое количество родственников на Западе, в том числе в Америке, и их нетрудно было представить в качестве «американской агентуры» в СССР.
В то же время, даже в период самых активных преследований «космополитов», Сталин не мог открыто провозгласить антисемитизм государственной политикой, а державный русский патриотизм – основой советской идеологии. И дело было не только в реакции зарубежного общественного мнения. Гораздо важнее было то, что сама легитимность большевистской власти внутри страны была связана прежде всего с марксистской интернационалистической идеологией. Тем более что в многонациональном государстве для успокоения массы нерусского населения приходилось сохранять федеративную форму (пусть и не содержание) его организации. Поэтому интернационалистические марксистские формулы соседствовали со здравицами в честь русского народа, первого среди советских народов, а антисемитизм прикрывался борьбой с «космополитизмом».